====== Dados e Mapas ======

São ilustrados aqui como obter, importar, manipular, combinar e visualizar em mapas temáticos  dados públicos do IBGE e DadaSUS

Lembrar de mudar diretorio de trabalho se necessário
<code R>
setwd("...")
</code>

Primeiro vamos obter um arquivo de mapa do [[http://www.ibge.gov.br|IBGE]]:
  O mapa foi carregado do site do IBGE em 
   <Geociências> + <Mapeamento das unidades territoriais> + <Produtos> + <Malha municipal digital 2007> (clicar no disquete de 2007) 
   Na nova janela:
   Escolha E500, E100 ou E2500
   Escolha uma projeção .Usado: Proj_Geografica
   Escolha um formato. Usado: ArcView_shp
   Escolha um nível territorial. 
   Escolha a unidade territorial.  

Salve os arquivos com extensão .shp, .shx e .dbf

Carregando pacotes maptools e sp
<code R>
require(maptools)
require(sp)
</code>

Lendo o mapa no 
(Site do IBGE pode ser demorado. Os [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/mct/dados|arquivos 12mu500gc* podem ser compiados daqui]])
<code R>
ac <- readShapePoly("12mu500gc") 

### visualizando
plot(ac)

### atributos dos municipios (variáveis)
names(ac)

### atributos/elementos do objeto
names(attributes(ac))

### bounding box
bbox(ac)

### inspecionando os atributos (dados) dos municípios
dim(ac@data)
ac@data[1:3,]
</code>

  Obtencao dos dados do  [[http://www.datasus.gov.br|datasus]]
   - clicar em <Informacoes de Saude> 
   - clicar em <Demograficas e Socioeconomicas>   
   - Clicar em Abastecimento de agua - 1991, 2000
   - Selecione Brasil por Municipio 
   - Montar a tabela assim:
   - Linha: Muncipio <Todas as categorias>
     - Coluna: Abastecimento de Agua
     - Conteudo: Moradores
   - Clicar em Formato: <Tabela com bordas> e <Mostra> (no final da pg.)
   - Após os dados serem mostrados, clicar em <Copia com o .CSV> e salvar o arquivo

Alternativamente aqui os [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/mct/dados/A104241200_17_213_55.csv|dados de abastecimento de agua]], do arquivo
obtidos a partir do site do DATASUS 

<code R>
agua <- read.csv2("A104241200_17_213_55.csv", skip=3)

system("file -bi A104241200_17_213_55.csv")
## encondings em diferentes sistemas!

dim(agua)
agua[1:3,]
</code

Combinando as bases. Notar que é necessário colocar dados na mesma ordem do mapa.

<code R>
### extraindo o codigo de municipios dos dados
codmund <- substr(as.character(agua[,1]), 1, 6)
codmund[1:3]

### extraindo o código do mapa com apenas 6 digitos
ac@data[1:3,]
cod6map <- substr(as.character(ac@data[,1]), 1, 6)
head(cod6map, 3)

### selecionando os dados do ACRE
### e preservando a ordem do mapa
odat <- merge(data.frame(cod=cod6map),
              data.frame(cod=codmund, agua[,-1]), sort=FALSE)
dim(odat)
names(odat)
table(odat$cod==cod6map) ### verifica ordem

### adiciona os dados ao SpatialPolygons
ac@data <- data.frame(ac@data, odat[,-1])

### proporcao de rede geral
ac@data$prg <- (odat[,2]+odat[,3])/odat[,10]
spplot(ac, "prg")
spplot(ac, "prg", col.regions=heat.colors(16))

### visualiza no mapa

### criando 3 categorias
cat3 <- findInterval(ac$prg, c(0, .12, .25, 1))
table(cat3)

### três cores
cores3 <- c("red", "orange", "yellow")

### plotando o mapa temático
par(mar=c(0,0,0,0))
plot(ac, col=cores3[cat3])
legend("topright", leglabs(c(0,12,25,1), "<", ">"),
       fill=cores3, bty="n", cex=2)
</code>

Uma análise:

<code R>
### carrega pacote spdep
require(spdep)

args(EBImoran.mc)
nb <- poly2nb(ac)
nb

plot(nb, coordinates(ac), add=T)
nbw <- nb2listw(nb)

eb <- EBImoran.mc(odat[,10], odat[,2]+odat[,3], nbw, 999)
eb
</code>

HELP !!!

<code R>
help(EBImoran.mc)  ## ou simplesmente ?EBImoran.mc
## tipos: "text", "html", "postscript", "ps", "pdf". 
</code>