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dicas:lcpad [2009/04/16 10:00] paulojus criada |
dicas:lcpad [2015/06/12 16:05] (atual) paulojus [Uso do R no LCPAD] |
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|---|---|---|---|
| Linha 1: | Linha 1: | ||
| - | <del>====== Configuração e uso do LCPAD ====== | + | ====== Configuração e uso do LCPAD ====== |
| - | O LCPAD é o cluster que disponibiliza recursos computacionais para computação na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc. | + | O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho - |
| + | disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc. | ||
| - | O sistema disponibiliza várias máquinas com muito recurso de processamento e de memória. | + | O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos de processamento e de memória. |
| ==== Conta no LCPAD ==== | ==== Conta no LCPAD ==== | ||
| - | Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ. | + | Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. |
| + | No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ. | ||
| - | ==== Acesso inicial ==== | + | ==== Acesso ==== |
| - | - **Acesso:** | + | * as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet |
| - | - as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet | + | * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. |
| - | - O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | + | * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''lcpad.ufpr.br'' |
| - | - o acesso deve ser feito sempre à servidora ''lcpad.ufpr.br'' | + | * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''rlogin'' (mais detalhes abaixo) |
| - | - a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''rlogin'' (mais detalhes abaixo) | + | * O acesso à servidora ''lcpad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code> |
| - | - O acesso à servidora ''lcpad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code> | + | |
| % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br</code> | % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br</code> | ||
| - | - Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<code> | + | * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<code> |
| % passwd </code> | % passwd </code> | ||
| - | - uma vez acessada pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se<code> | + | * uma vez acessada a servidora pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite ''"q"'' para sair da página de instruções)<code> |
| % normas </code> | % normas </code> | ||
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| + | ==== Uso ==== | ||
| + | * O sistema operacional das máquinas do LCPAD é LINUX (debian). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/restrito/dicas/node2.html|comandos básicos do LINUX]] | ||
| + | * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''lcpad.ufpr.br'' mas não nas demais. | ||
| + | * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/home/users/est/LOGIN'' | ||
| + | * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/bin/zsh)//. Para mais detalhes [[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo. | ||
| + | | ||
| + | //Sugestão:// | ||
| + | * usar a servidora ''lcpad.ufpr.br'' para sessões interativas e/ou ''jobs'' rápidos | ||
| + | * usar as demais para ''jobs'' mais longos e/ou múltiplos ''jobs'' | ||
| + | * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''normas'') tais como ''a01-a10'', ''h01-h04'', ''o01-o03'' (**dentre outras**). | ||
| + | * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''lcpad'':<code> | ||
| + | lcpad % carga | ||
| + | </code> | ||
| + | * para acessar uma delas use o ''rlogin''<code> | ||
| + | lcpad % rlogin bl03 | ||
| + | bl03 % | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | Note que o ''rlogin'' funciona mas é um link para ''ssh''. | ||
| + | |||
| + | ==== Uso do R no LCPAD ==== | ||
| + | |||
| + | Existem duas versões do programa ''R'' disponíveis no LCPAD | ||
| + | - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''lcpad.ufpr.br''** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<code> | ||
| + | % /home/users/est/paulojus/R/bin/R </code> | ||
| + | Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema<code> | ||
| + | % alias R='/home/users/est/paulojus/R/bin/R' | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<code> | ||
| + | % R CMD BATCH seu_programa.R & | ||
| + | % tail -f seu_programa.Rout | ||
| + | </code> | ||
| + | - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''R'' que chamamos de ''Rnox''. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''.bashrc'' e/ou ''.zshrc'' (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <code> | ||
| + | alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" | ||
| + | source .bashrc | ||
| + | source .zshrc | ||
| + | </code> | ||
| + | Depois disto voce pode rodar processos **em qualquer máquina ** com: | ||
| + | <code> | ||
| + | % Rnox CMD BATCH seu_programa.R & | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ==== Processos, logout, interrupções, etc ==== | ||
| + | |||
| + | **Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com <code> | ||
| + | % Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </code> | ||
| + | ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina. | ||
| + | |||
| + | Existem diferentes estratégias para contornar isto: | ||
| + | - Mudar o seu //shell// para o ''bash'' ([[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo) | ||
| + | - Utilizar ''disown'' ou ''nohup'' no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''R'' quanto ''Rnox'')<code> | ||
| + | a02% Rnox CMD BATCH ap.R & | ||
| + | a02% disown % | ||
| + | a02% exit | ||
| + | </code> | ||
| + | e o //job// continua. Ou então:<code> | ||
| + | a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R & | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | No caso do ''Rnox'' esta última solução pode ser //automatizada// mudando o seu //alias// em ''.zshrc'' para:<code> | ||
| + | alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" | ||
| + | source .zshrc | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | ==== SHELL ==== | ||
| + | * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles. | ||
| + | * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc'' | ||
| + | * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zsh'' (//Z-shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc'' | ||
| + | * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code> | ||
| + | % chsh </code> | ||
| + | * nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se:<code> | ||
| + | a01% /bin/bash </code> E para retornar ao ''zsh'' basta digitar <code> | ||
| + | a01% /bin/zsh</code> | ||
| + | * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: <code> | ||
| + | /bin/bash </code> | ||
| + | * se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:<code> | ||
| + | % cp ../paulojus/.zshrc . | ||
| + | % cp ../paulojus/.bashrc . | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ==== Acompanhando seus processo ==== | ||
| + | - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com <code> | ||
| + | % tail -f seu_programa.Rout | ||
| + | </code> | ||
| + | - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code> | ||
| + | % ps -u SEU_LOGIN | ||
| + | % top | ||
| + | </code> | ||
| + | - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:<code> | ||
| + | % carga | ||
| + | % carga -u | ||
| + | % carga -U | ||
| + | % carga -j | ||
| + | </code> | ||
| + | * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//), | ||
| + | * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina, | ||
| + | * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu. | ||
| + | * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada máquina. | ||
| + | |||
| + | ==== Finalmente .... ==== | ||
| + | Vale insistir: não deixe de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<code> | ||
| + | % normas </code> | ||
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| + | ==== Agradecimento ==== | ||
| + | Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD. | ||
