disciplinas:geoesalq:historico

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--- disciplinas:geoesalq:historico [2011/08/19 14:32]
paulojus
+++ disciplinas:geoesalq:historico [2016/12/09 09:18] (atual)
paulojus
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
 ====== Histórico das aulas do curso ======
+==== Ano 2014 ====
+=== Semana 1 ===
+  * 14/08
+    * Manhã: apresentação, informações sobre o curso, percepções sobre geoestatística. Introdução ao programa R e ao pacote ''geoR''. Leitura de dados, formato geodata e análises exploratórias.
+    * Tarde: dependência especial: correlogramas e  variogramas. Interpolação espacial (krigagem) e mapas de predição. Outros formados de dados espaciais (dados de área e  de processos pontuais).
+    * Atividades:
+      - Instalar o programa R e o pacote geoR
+      - Refazer o exemplo trabalhado em sala de aula
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:dados-intro.txt|Arquivo de dados}} (formato texto)
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:comandos-intro-2014.r|Arquivo de comandos}}
+      - Verificar outros conjuntos de dados disponíveis no pacote ''geoR'' com o comando <code R>
+data(package="geoR")
+</code> e efetuar análises descritivas atentando as características a serem observadas comentadas em aula (distribuição e assimetria, dados atípicos, tendências com coordenadas e covariáveis, possível padrão espacial)
+      - Obter outro conjunto de dados geoestatísticos (seu próprio ou em alguma fonte - web etc), carregar no R e efetuar análises
+      - Reproduzir e discutir as análises feitas com os comandos a seguir:
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:wolfcamp.txt|arquivo de dados}} e {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:wolf.r|de comandos}}
+  * 15/08
+    * Manhã: atividades computacionas
+    * Tarde: modelos com covariaveis - tendências com coordenadas e com covariáveis
+      * arquivos utilizados:
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:ca20-2014.r|ca20}}
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:bordas.r|definição de bordas}}
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:wolf.r|wolfcamp revisado}}
+=== Semana 2 ===
+  * 21/08
+   * Discussão sobre variogramas
+   * Extensões dos modelos considerando covariáveis e transformações
+   * Apresentação e discussão de trabalhos, dados e projetos de participantes
+  * 22/08
+    * Manhã
+      * {{:disciplinas:geoesalq:modelos-pr.r|alguns modelos para dados de precipitação no PR}}
+      * {{:disciplinas:geoesalq:modelo-ca20.r|alguns modelos para dados Ca20}}
+      * Exemplo de código básico para predição espacial ({{:disciplinas:geoesalq:ex-predicao.r|arquivo de comandos}}), incluindo exportação dos resultados
+      * {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:krigacamg.r|Um exemplo mais completo de comandos para análise}}
+        * {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:regioes.dat|arquivo de dados}} utilizados no arquivo de comandos
+    * Tarde
+      * além de krigagem: Simulações da preditiva (condicionais)
+      * {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:comandos-intro-2014.r|arquivo de comandos atualizado}}
+=== Semana 3 ===
+  * 18/09
+    * Manhã:
+      - simulação e funções de correlação
+      - estimação por verossimilhança
+    * Tarde
+      - Predição espacial e efeitos do modelo na predição
+      - inferência e predição Bayesiana
+  * 19/09
+    * Manhã:
+      - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:aula-2014-09-18.r|arquivo com comandos da aula do dia anterior}} - revisão, alterar e expandir os comandos
+      - Mais simulações: {{:disciplinas:geoesalq:comandos-simula.r|arquivo 2}} simulações do modelo geoestatístico básico no R, feitas de várias formas
+      - {{:disciplinas:geoesalq:pira2012:comandosintro.r|arquivo de comandos}} de uma análise incluindo inferência Bayesiana
+    * Tarde:
+      - Modelos não gaussianos.
+        - {{:disciplinas:geoesalq:simular-glgm.r|arquivo 5}} Simulação de modelos GLM geoestatísticos (Poisson e Binomial)
+        -  Análises usando a geoRglm:
+          * {{:disciplinas:geoesalq:poisson-sim.r|Análise com o modelo Poisson geoestatístico}}
+          * {{:disciplinas:geoesalq:binario-1d.r|arquivo com código}} para exemplo de simulação e análise de dados binários em 1-D
+          * {{:disciplinas:geoesalq:simbin.txt|arquivo de dados binários}} para análise com geoRglm
+      - Representação de dados espaciais no R pelo pacote sp. SpatialPolygons e algumas visualizações e análises de dados de áreas
+        - {{:disciplinas:geoesalq:pira2014:aucklandnew.r|Arquivo de comandos visto na aula}}
+        - Convertendo um objeto de áreas/polígonos em geodata (centroides como coordenadas)
+          * {{:disciplinas:geoesalq:area2geo.r|arquivo de comandos}}
+          * Arquivos shapefile {{:disciplinas:cieg:bairros.shp|}} {{:disciplinas:cieg:bairros.shx|}} {{:disciplinas:cieg:bairros.dbf|}}
+          * {{:disciplinas:cieg:tabe.csv|Atributos dos bairros}}
+        - Montar geodata a partir da importação de dados de centroides de municípios do Paraná
+          * shape com o estado do PR ({{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.dbf|arquivo dbf}}, {{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.shp|arquivo shp}}, {{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.shx|arquivo shx}})
+          * shape com os municípios do PR ({{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.dbf|arquivo dbf}}, {{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.shp|arquivo shp}}, {{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.shx|arquivo shx}})
+          * {{:disciplinas:geoesalq:prodsoja.txt|arquivo de atributos}}
+          * {{:disciplinas:geoesalq:rotina.r|Script de análise}}
+=== Semana 4 ===
+  * 09/10: Estudos de caso, extensões e outras análises (processos pontuais e áreas)
+    * Manhã:
+      * SKATER
+      * Análise espacial de experimentos
+      * Dados composicionais (frações de solo)
+      * {http://www.ij-healthgeographics.com/content/10/1/17|Padrão espacial na resistência a antibióticos - EUREQA}
+    * Tarde:
+      * Abundância por classes de idade (pescada)
+      * Zona de captura
+      * Relação de variáveis de solo e ocorrência de espécies (Djair)
+      * Processos pontuais (princípios e conceitos básicos)
+  * 10/10
+    * Tarde:
+      * Apresentação e discussão de análises, temas e projetos de participantes do curso
+      * Modelo/código para Análise conjunta de diversas áreas
+----
+----
+==== Ano 2012 ====
+  * {{:disciplinas:geoesalq:toledo2010.pdf|"Slides" do curso}}
+==== Semana 1 ====
+  * 13/09
+    * Manhã:
+      * Instalar o [[http://www.r-project.org|R]] e depois instalar o pacote adicional geoR (''install.packages("geoR", dep=T)'')
+      * Fazer o download para um diretório (criar um) de trabalho do {{:disciplinas:geoesalq:pira2012:dadosintro.txt|arquivo de dados}} e do {{:disciplinas:geoesalq:pira2012:comandosintro.r|arquivo de comandos}}
+      * Rodar os comandos do arquivo, interpretar e discutir os resultados
+      * Discussão dos passos da análise: estrutura e importação dos dados, gráficos exploratórios e sua interpretação
+      * Pontos para atenção: dados atípicos (globais e locais), natureza da resposta e eventual necessidade de transformação, tendências no comportamento das variáveis.
+    * Tarde:
+      * Discussão dos passos da análise (cont).: variogramas (empíricos) e sua interpretação
+      * Ajuste de modelos a variogramas
+      * Interpolação espacial e visualização dos mapas
+  * 14/09
+    * Manhã:
+      * Estatística espacial: tipos "básicos" de problemas e estruturas de dados (dados de áreas, geoestatísticos e de processos pontuais). Semelhanças e diferenças. Estratégias para análise e modelagem.
+      * Exemplos de dados e problemas "geoestatísticos", estratégias de modelagem.
+    * Tarde:
+      * Exemplos de dados e problemas "geoestatísticos", estratégias de modelagem. (cont)
+      * Formalização e notação para modelagem geoestatística.
+  * **Materiais**
+      * {{disciplinas:pdf:aula1.pdf|Apresentação da primeira semana de aula}} sobre tipos básicos de problemas de estatística espacial
+      * Leitura de revisão: {{:disciplinas:ce714:montreal.pdf|Cap 1 e 2 de Diggle & Ribeiro}}
+      * Arquivos de comandos com exemplos de análises (examinar antes da próxima aula)
+        - {{:disciplinas:geoesalq:dadosmalha.txt|arquivo de dados usado no script}}
+          * {{:disciplinas:geoesalq:porot.r|Comandos vistos em aula}} para porosidade total
+          * {{:disciplinas:geoesalq:aula1-2009.r|Outro arquivo de comandos}} para estes dados
+        - {{:disciplinas:geoesalq:profund020a.txt|arquivo de dados de teores de elementos}} em camada 0-20{{:disciplinas:geoesalq:pira2012:acacio-artigo1.pdf|}}
+        - {{:disciplinas:geoesalq:sal.dat|dados de salinidade de água}}
+        - {{:disciplinas:geoesalq:quimicos_c1.txt|arquivo com teores de elementos químicos}} em amostras de solo
+      * Sugestão de leitura {{:disciplinas:geoesalq:cap3.pdf|Cap 3 de Diggle & Ribeiro}}
+==== Semana 2 ====
+  * 20/09
+    * Manhã: Caracterização dos modelos geoestatísticos e funções de correlação
+    * Tarde:
+      * Relações entre funções de correlação e trajetória dos processos,
+      * Variograma e função e correlação
+      * Simulação de processos
+        * {{:disciplinas:geoesalq:ex-simula.r|Arquivo editado durante a aula}}
+        * Arquivos utilizados em anos anteriores (revisar/rodar)
+          * {{:disciplinas:geoesalq:intro-simula.r|Um arquivo de comandos}} com exemplos introdutórios de simulação no R (modelos **não** espaciais)
+          * {{:disciplinas:geoesalq:simular.r|arquivo 3}}
+          * {{:disciplinas:geoesalq:comandos-simula.r|arquivo 2}} simulações do modelo geoestatístico básico no R, feitas de várias formas
+          * {{:disciplinas:geoesalq:grftutorial.r|arquivo de comandos 1}} Um breve tutorial de uso da função ''grf()''
+          * {{:disciplinas:geoesalq:simular-glgm.r|arquivo 5}} Simulação de modelos GLM geoestatísticos (Poisson e Binomial)
+          * Definir e montar um conjunto de simulações. Montar o seu arquivo de comandos.
+  * **Arquivos editados nas aulas**
+    * {{:disciplinas:geoesalq:modelos-pr.r|Modelos para dados de precipitação no PR}}
+    * {{:disciplinas:geoesalq:modelo-ca20.r|Modelos para dados Ca20}}
+  * **Tarefas**
+    * Refazer análises do arquivo usado na 1a semana da aulas em outro programa (outro pacote do R ou outro software)
+    * Alunos estatística (compulsório) / outros cursos (opcional)
+      * Escrever verossimilhança para estimar parâmetros com variâncias diferentes em diferentes áreas
+      * Escrever verossimilhança o modelo básico com uma função de correlação de suporte compacto (alcance finito) utilizando algoritmos de matrizes esparsas para operar com a matriz de covariâncias (ver pacote ''sparseM'')
+      * Verossimilhança para distribuição t-multivariada
+      * Verossimilhança composta (Naimara)
+==== Semana 3 ====
+  * 04/10
+    * Manhã:
+      * Anisotropia e estacionaridade - extensões do modelo
+      * Predicões e simulações condicionais
+      * Predicao de funcionais
+      * {{:disciplinas:geoesalq:pira2012:comandosintro.r|arquivo de comandos}} básico do curso foi atualizado
+    * Tarde
+      * Discussão e temas variados
+      * Aula interrompida devido à falta de energia elétrica
+  * 05/10
+    * Manhã: Representação e dados espaciais
+      - Convertendo um objeto de áreas/polígonos em geodata (centroides como coordenadas)
+        * {{:disciplinas:geoesalq:area2geo.r|arquivo de comandos}}
+        * Arquivos shapefile {{:disciplinas:cieg:bairros.shp|}} {{:disciplinas:cieg:bairros.shx|}} {{:disciplinas:cieg:bairros.dbf|}}
+        * {{:disciplinas:cieg:tabe.csv|Atributos dos bairros}}
+      - Montar geodata a partir da importação de dados de centroides de municípios do Paraná
+        * shape com o estado do PR ({{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.dbf|arquivo dbf}}, {{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.shp|arquivo shp}}, {{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.shx|arquivo shx}})
+        * shape com os municípios do PR ({{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.dbf|arquivo dbf}}, {{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.shp|arquivo shp}}, {{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.shx|arquivo shx}})
+        * {{:disciplinas:geoesalq:prodsoja.txt|arquivo de atributos}}
+        * {{:disciplinas:geoesalq:rotina.r|Script de análise}}
+    * Tarde:
+      * Inferência e predição Bayesiana
+      * {{:disciplinas:geoesalq:pira2012:comandosintro.r|arquivo de comandos}} básico do curso foi atualizado
+==== Semana 3 ====
+  * 04/10
+    * Manhã:
+      * Revisão GLM. Simulações do GLM/GLGM
+        * {{:disciplinas:geoesalq:sim-glgm.r|arquivo de comandos}} de simulações
+        * {{:disciplinas:geoesalq:simular-glgm.r|Simulação de modelos GLM geoestatísticos}}(Poisson e Binomial)
+      * Análises usando a geoRglm:
+        * {{:disciplinas:geoesalq:poisson-sim.r|Análise com o modelo Poisson geoestatístico}}
+        * {{:disciplinas:geoesalq:binario-1d.r|arquivo com código}} para exemplo de simulação e análise de dados binários em 1-D
+        * {{:disciplinas:geoesalq:simbin.txt|arquivo de dados binários}} para análise com geoRglm
+----
 ==== Ano 2011 ====
@@ Linha 6: / Linha 209: @@
     * Manhã:
       * Apresentação e Introdução ao Sistema Estatístico R.
-      * Motivação para geoestatística: interpolação, alternativas, algorítimos, modelos detrminísticos e estocásticos
+      * Motivação para geoestatística: interpolação, alternativas, algoritmos, modelos determinísticos e estocásticos
     * Tarde:
-      * {{:disciplinas:geoesalq:dia01-1.r|Exemplo da aula}}: um //script// com os passoas básicos de uma análise geoestatística //canônica//
+      * {{:disciplinas:geoesalq:dia01-1.r|Exemplo da aula}}: um //script// com os passos básicos de uma análise geoestatística //canônica//
       * Discussão dos resultados do script. Passos da análise: (i) preparação dos dados, (ii) análise exploratória (distribuição, tendências, dados discrepantes globais e locais), (iii) modelos/inferência/estimação, (iv) predição (krigagem)
   * 19/08
     * Manhã:
-      * Lendo e analisando dados (experimentar com os seus dados e/ou com os dados a seguir)
+      - Lendo e analisando dados (experimentar com os seus dados e/ou com os dados a seguir)
         - {{:disciplinas:geoesalq:dadosmalha.txt|arquivo de dados usado no script}}
           * {{:disciplinas:geoesalq:porot.r|Comandos vistos em aula}} para pororidade total
@@ Linha 19: / Linha 222: @@
         - {{:disciplinas:geoesalq:sal.dat|dados de salinidade de água}}
         - {{:disciplinas:geoesalq:quimicos_c1.txt|arquivo com teores de elementos quimicos}} em amostras de solo
+      - Passos da análise de dados: preparação, exploratória, modelagem/estimação, predição
     * Tarde:
+      - Lendo dados e análise geoestatística dados
+      - Tipos de dados espaciais: variação contínua (geoestatístico), discreta (areas) e processos pontuais
+        * {{disciplinas:r:respacial.r|Exemplo de alguns comandos para análise de dados espaciais}} de direrentes tipos
+**//Atividades://**
+  - Ler {{:disciplinas:ce714:montreal.pdf|Capítulos 1 e 2}} de Diggle e Ribeiro (2007)
+  - Selecionar um artigo que utilize métodos geoestatísticos e preparar uma resenha
+  - revisar, alterar e experimentar com os //scripts// vistos em aula
+  - Montar geodata a partir da importação de dados de centroides de municípios do Paraná
+      * shape com o estado do PR ({{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.dbf|arquivo dbf}}, {{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.shp|arquivo shp}}, {{:disciplinas:geoesalq:41uf2500g.shx|arquivo shx}})
+      * shape com os municípios do PR ({{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.dbf|arquivo dbf}}, {{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.shp|arquivo shp}}, {{:disciplinas:geoesalq:41mu2500g.shx|arquivo shx}})
+      * {{:disciplinas:geoesalq:prodsoja.txt|arquivo de atributos}}
+      * {{:disciplinas:geoesalq:rotina.r|Script de análise}}
+    * Script de análise
+  - Convertendo um objeto de áreas/polígonos em geodata (centroides como coordenadas)
+    * {{:disciplinas:geoesalq:area2geo.r|arquivo de comandos}}
+    * Arquivos shapefile {{:disciplinas:cieg:bairros.shp|}} {{:disciplinas:cieg:bairros.shx|}} {{:disciplinas:cieg:bairros.dbf|}}
+    * tabela de atributos {{:disciplinas:cieg:tabe.csv|}}
+**//Atividades://**
+  * Examinar a página de tutoriais da geoR. Rodar os seguintes tutoriais:
 ==== Semana 2 ====
   * 25/08
     * Manhã:
+      * Montando geodata passo a passo ({{:disciplinas:geoesalq:montageo.r|arquivo de comandos}})
+      * Problemas e alternativas de modelagem geoestatística
     * Tarde:
+      * Análises de dados
+      * Modelo geoestatístico básico e extensões
   * 16/08
     * Manhã:
+      * Características e elementos do modelo geoestatístico e funções de correlação
     * Tarde:
+      * exemplos
+      * Representação de objetos espaciais e fundamentos do pacote ''sp''
+==== Semana 3 ====
+  * 15/09
+    * Manhã:
+      * Modelos geoestatísticos, características, estacionariedade, anisotropia, simulações
+      * Variogramas teóricos e experimentais. Estimação por variograma dos parâmetros do modelo. Características e observações sobre o método de estimação
+    * Tarde:
+      * Praticando Simulação
+        * {{:disciplinas:geoesalq:intro-simula.r|Um arquivo de comandos}} com exemplos introdutórios de simulação no R (modelos **não** espaciais)
+        * {{:disciplinas:geoesalq:simular.r|arquivo 3}}
+        * {{:disciplinas:geoesalq:comandos-simula.r|arquivo 2}} simulações do modelo geoestatístico básico no R, feitas de várias formas
+        * {{:disciplinas:geoesalq:grftutorial.r|arquivo de comandos 1}} Um breve tutorial de uso da função ''grf()''
+        * {{:disciplinas:geoesalq:simular-glgm.r|arquivo 5}} Simulação de modelos GLM geoestatísticos (Poisson e Binomial)
+        * Definir e montar um conjunto de simulações. Montar o seu arquivo de comandos.
+      * Métodos de estimação: máxima verossimilhança
+  * 16/09
+    * Manhã:
+      * Modelos geoestatísticos, simulações em alguns modelos estatísticso e geoestatísticos
+      * Predição espacial e krigagem. Esperança, variância e simulações condicionais. Estimação de funcionais
+    * Tarde:
+      * Exemplo de código básico para predição espacial ({{:disciplinas:geoesalq:ex-predicao.r|arquivo de comandos}}), incluindo agora exportação dos resultados
+      * Inferência e predição Bayesiana para modelos geoestatísticos Gaussianos
+        * Ver e reproduzir os comandos abaixo da aula da [[#semana_31|Semana 3 de 2010]] sobre predição, simulação condicional e análise Bayesiana
+==== Semana 4 ====
+  * 23/09
+    * Manhã: Revisão GLM. Simulações do GLM/GLGM
+      * {{:disciplinas:geoesalq:sim-glgm.r|arquivo de comandos}} de simulações
+      * {{:disciplinas:geoesalq:simular-glgm.r|Simulação de modelos GLM geoestatísticos}}(Poisson e Binomial)
+    * Tarde:
+      * {{:disciplinas:geoesalq:poisson-sim.r|Análise com o modelo Poisson geoestatístico}}
+      * {{:disciplinas:geoesalq:binario-1d.r|arquivo com código}} para exemplo de simulação e análise de dados binários em 1-D
+      * {{:disciplinas:geoesalq:simbin.txt|arquivo de dados binários}} para análise com geoRglm
+==== Semana 5 ====
+  * 20/10
+    * Manhã e  parte da tarde:
+      - {{disciplinas:r:respacial.r|Exemplo de alguns comandos para análise de dados}}
+      - {{:disciplinas:r:aucklandnew.r|Arquivo com análises de dados de área}}
+      - {{:disciplinas:cieg:ciegpp.r|Alguns comandos para análises de processos pontuais}}
+      - {{:disciplinas:cieg:ciegareas1.r|análises de dados de áreas}}
+      - **[[disciplinas:geoesalq:arquivos|Arquivos usados nos scripts]]**
+    * tarde:
+      - fundamentos de análise de procesos pontuais
+      - apresentação alunos (ver material)
+  * 20/10
+    * Manhã:
+      - fundamentos de análise de dados de áreas
+      - algumas aplicações de geoestatística: análise espacial de experimentos e ánalises conjuntas
+    * tarde:
+      -  interpolações não espaciais ({{:disciplinas:geoesalq:interpgeo.r|arquivo de comandos com exemplos e alternativas}})
+      - apresentação alunos (ver material)
@@ Linha 411: / Linha 693: @@
   * {{disciplinas:ce714:r:aula3pira.r|Arquivo com comandos do R}} com análise geoestatística utilizados durante aula
   * outro {{disciplinas:ce714:r:aula4pira.r|arquivo com comandos do R}} com análise geoestatística utilizados durante aula

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