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software:art:curso:scriptleitura [2007/12/12 00:22] paulojus criada |
software:art:curso:scriptleitura [2007/12/12 15:11] (atual) paulojus |
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|---|---|---|---|
| Linha 3: | Linha 3: | ||
| <code R> | <code R> | ||
| require(aRT) | require(aRT) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| + | |||
| + | // | ||
| + | // | ||
| + | ** 1. conectando ao banco de origem dos dados e importando dados desejados para o R ** | ||
| - | 1. conectando ao banco de origem dos dados e importando dados desejados para o R | ||
| - | |||
| Abrindo a conexão | Abrindo a conexão | ||
| <code R> | <code R> | ||
| cnn <- openConn(user="curso", pass="fiocruz", host="guaja.est.ufpr.br", port=3306) | cnn <- openConn(user="curso", pass="fiocruz", host="guaja.est.ufpr.br", port=3306) | ||
| showDbs(cnn) | showDbs(cnn) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Abrindo e inspecionando o conteúdo o Banco | Abrindo e inspecionando o conteúdo o Banco | ||
| Linha 17: | Linha 19: | ||
| db <- openDb(cnn, "saudavel", up=T ) | db <- openDb(cnn, "saudavel", up=T ) | ||
| db | db | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| - | Abrindo o Layerdas armadilhas | + | Abrindo o //Layer// das armadilhas |
| <code R> | <code R> | ||
| la <- openLayer(db, "LAYER_ARMADILHAS") | la <- openLayer(db, "LAYER_ARMADILHAS") | ||
| la | la | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Abrindo a tabela Coletas | Abrindo a tabela Coletas | ||
| Linha 29: | Linha 31: | ||
| coleta <- openTable(la, "COLETAS") | coleta <- openTable(la, "COLETAS") | ||
| coleta | coleta | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Puxando os dados da tabela coleta - "COD_ARMADILHA", "DATA_COLETA", "NRO_OVOS" | Puxando os dados da tabela coleta - "COD_ARMADILHA", "DATA_COLETA", "NRO_OVOS" | ||
| Linha 36: | Linha 38: | ||
| dim(aed) | dim(aed) | ||
| names(aed) | names(aed) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Formatando como Data | Formatando como Data | ||
| Linha 44: | Linha 46: | ||
| vendo o período de dados disponíveis) | vendo o período de dados disponíveis) | ||
| range(aed$DATA_COLETA) | range(aed$DATA_COLETA) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Definindo os 4 Grupos das armadilhas | Definindo os 4 Grupos das armadilhas | ||
| Linha 55: | Linha 57: | ||
| head(aed) | head(aed) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Pegando os pontos (coordenadas das armadilhas) | Pegando os pontos (coordenadas das armadilhas) | ||
| Linha 62: | Linha 64: | ||
| pts[1:10,] # em formato sp: SpatialPointsDataFrame | pts[1:10,] # em formato sp: SpatialPointsDataFrame | ||
| head(coordinates(pts)) # em formato de matriz | head(coordinates(pts)) # em formato de matriz | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| - | Pegando os polígonos | + | Pegando os polígonos\\ |
| - | ## Abrindo o Layer de Poligonos dos bairros | + | Abrindo o Layer de Poligonos dos bairros |
| <code R> | <code R> | ||
| lb <- openLayer(db, "IBGE_Bairros") | lb <- openLayer(db, "IBGE_Bairros") | ||
| aed.poly <- getPolygons(lb) ## formato sp (SpatialPolygons) | aed.poly <- getPolygons(lb) ## formato sp (SpatialPolygons) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Se quiser convertar para uma lista de polygonos para facilitar a manipulação do objeto... | Se quiser convertar para uma lista de polygonos para facilitar a manipulação do objeto... | ||
| <code R> | <code R> | ||
| poly_bai <- sapply(1:94, function(x)poly_bai@polygons[[x]]@Polygons[[1]]@coords) | poly_bai <- sapply(1:94, function(x)poly_bai@polygons[[x]]@Polygons[[1]]@coords) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Linha 81: | Linha 83: | ||
| aed.armas <- split(aed, aed$COD_ARMADILHA) | aed.armas <- split(aed, aed$COD_ARMADILHA) | ||
| names(aed.armas) | names(aed.armas) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| - | 2. algumas análises descritivas no R | + | ** 2. algumas análises descritivas no R ** |
| Plotando dados da evolução de ovos de uma armadilha: | Plotando dados da evolução de ovos de uma armadilha: | ||
| Linha 92: | Linha 94: | ||
| xpd = TRUE, cex = 0.6) | xpd = TRUE, cex = 0.6) | ||
| mtext(side=1, line=3, "Data") ## veja o gráfico! | mtext(side=1, line=3, "Data") ## veja o gráfico! | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Criando uma função para plotar graficos da evolução do número de ovos nas armadilhas... | Criando uma função para plotar graficos da evolução do número de ovos nas armadilhas... | ||
| Linha 107: | Linha 109: | ||
| invisible() | invisible() | ||
| } | } | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| ... e gerando os gráficos para o Bairro BT (ver a tela grafica do R) | ... e gerando os gráficos para o Bairro BT (ver a tela grafica do R) | ||
| Linha 113: | Linha 115: | ||
| plot.arma("BT101") | plot.arma("BT101") | ||
| sapply(names(aed.armas)[1:80], plot.arma) | sapply(names(aed.armas)[1:80], plot.arma) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Gerando arquivos com estes resultados (para todas armadilhas de todos os bairros) | Gerando arquivos com estes resultados (para todas armadilhas de todos os bairros) | ||
| Linha 133: | Linha 135: | ||
| setwd(basedir) | setwd(basedir) | ||
| getwd() | getwd() | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| - | 3. criando um "novo" banco de dados (no caso em outro DBMS local, mas poderia ser no orginal tb) | + | ** 3. criando um "novo" banco de dados (no caso em outro DBMS local, mas poderia ser no orginal tb) ** |
| conexão com o banco local | conexão com o banco local | ||
| Linha 141: | Linha 143: | ||
| cloc <- openConn() | cloc <- openConn() | ||
| cloc | cloc | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Criando novo banco | Criando novo banco | ||
| <code R> | <code R> | ||
| BDuser <- "myDengue" | BDuser <- "myDengue" | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Apaga banco pré-existente (se houver) e cria novo banco ("light") | Apaga banco pré-existente (se houver) e cria novo banco ("light") | ||
| Linha 154: | Linha 156: | ||
| dblight = createDb(cloc, BDuser) | dblight = createDb(cloc, BDuser) | ||
| dblight | dblight | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Pegando mais alguns dados que usaremos no novo banco\\ | Pegando mais alguns dados que usaremos no novo banco\\ | ||
| Linha 161: | Linha 163: | ||
| proj=getProj(la) | proj=getProj(la) | ||
| proj | proj | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Trazendo tabelas para o R (Exportação das tabelas do banco para o R)\\ | Trazendo tabelas para o R (Exportação das tabelas do banco para o R)\\ | ||
| Linha 169: | Linha 171: | ||
| tab | tab | ||
| tab2=getData(tab) | tab2=getData(tab) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Criação do Layer ARMADILHAS no novo banco | Criação do Layer ARMADILHAS no novo banco | ||
| Linha 175: | Linha 177: | ||
| l1=createLayer(dblight,"LAYER_ARMADILHAS", proj=proj) | l1=createLayer(dblight,"LAYER_ARMADILHAS", proj=proj) | ||
| l1 | l1 | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Adicionando as coordenadas dos pontos (armadilhas) no banco | Adicionando as coordenadas dos pontos (armadilhas) no banco | ||
| Linha 181: | Linha 183: | ||
| addPoints(l1, pts) | addPoints(l1, pts) | ||
| l1 | l1 | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Adicionando a tabela estática (Importação pelo banco da tabela estática) | Adicionando a tabela estática (Importação pelo banco da tabela estática) | ||
| Linha 187: | Linha 189: | ||
| importTable(l1,"ARMADILHAS", id="COD_ARMADILHA", data=tab2) | importTable(l1,"ARMADILHAS", id="COD_ARMADILHA", data=tab2) | ||
| l1 | l1 | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Adicionando uma tabela de mídia com os graficos das evoluções de ovos nas armadilhas\\ | Adicionando uma tabela de mídia com os graficos das evoluções de ovos nas armadilhas\\ | ||
| Linha 193: | Linha 195: | ||
| <code R> | <code R> | ||
| midia=createTable(l1, type="media") | midia=createTable(l1, type="media") | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| Adicionar dados à tabela de mídia | Adicionar dados à tabela de mídia | ||
| Linha 202: | Linha 204: | ||
| url[1:10,] | url[1:10,] | ||
| addRows(midia, url) | addRows(midia, url) | ||
| - | </code R> | + | </code> |
| + | |||
| + | Transferindo os polígonos dos bairros para o novo banco | ||
| + | <code R> | ||
| + | l2=createLayer(dblight,"BAIRROS", proj=proj) | ||
| + | l2 | ||
| + | addPolygons(l2, aed.poly) | ||
| + | createTable(l2, "tbairros") | ||
| + | l2 | ||
| + | |||
| + | tbbairro <- openTable(lb, "bairro2000_rec") | ||
| + | tbbairro | ||
| + | tbb2 <- getData(tbbairro) | ||
| + | head(tbb2) | ||
| + | |||
| + | importTable(l2, "tbairros", id="ID_BAIRROS", data=tbb2) | ||
| + | l2 | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | Associando uma tabela de mídia com filmes ''.avi'' com a evolução dos ovos segundo um modelo GAM (generalised additive model). O código para os filmes não está mostrado aqui e está disponível na pagina do saudavel no wiki. | ||
| + | <code R> | ||
| + | medbairro <- createTable(l2, type="media") | ||
| + | url <- data.frame(object_id = c(94, 54, 55, 39, 40, 73, 51, 52), | ||
| + | media_names=paste("http://www.leg.est.ufpr.br/~paulojus/aviDengue/gam", | ||
| + | c("BT", "CFP", "CFP", "DI", "DI", "EM", "MCP", "MCP"), ".avi", sep=""), stringsAsFactors=F) | ||
| + | url | ||
| + | |||
| + | url1 <- data.frame(object_id=1:94, | ||
| + | media_names=as.character("http://www.leg.est.ufpr.br/~paulojus/aviDengue/nulo.html"), stringsAsFactors=F) | ||
| + | url1$media_names[url$object_id] <- url$media_names | ||
| + | url1 | ||
| + | dim(url1) | ||
| + | |||
| + | addRows(medbairro, url1) | ||
| + | </code> | ||
| - | Criando vistas e temas para a TV\\ | + | Criar tema/vista para visualizar os relatórios na TV e com acesso às mídias |
| - | Criar tema para visualizar os relatórios | + | |
| <code R> | <code R> | ||
| th=createTheme(l1, "Coletas", table="ARMADILHAS", view="armas") | th=createTheme(l1, "Coletas", table="ARMADILHAS", view="armas") | ||
| - | </code R> | + | th=createTheme(l2, "Bairros", table="tbairros", view="armas") |
| + | </code> | ||
| + | ** 4. inspecionando no terraView e abrindo mídias ** | ||
| - abrir o TV | - abrir o TV | ||
| - abrir um navegador (mozilla ou outro) | - abrir um navegador (mozilla ou outro) | ||
| - dar um zoom num bairro | - dar um zoom num bairro | ||
| - | - selecionar um ponto e exibir a "media default" | + | - selecionar um **ponto (armadilha)** e exibir a "media default" |
| + | - selecionar um **bairro com armadilha** e exibir a "media default" | ||
