Em português brasileiro os sistemas operacionais utilizam tipocamente uma das seguintes codificações de caracteres: ISO-8859-1 ou UTF-8. O Windows e alguns Linux, especialmente os mais antigos utilizam ISO-8859-1 enquanto os Linux mais recentes por defaut costumam instalar a UTF-8. Estas diferentes codificações podem ter efeitos sobre documentos com caracteres especiais escritos em um sistema e visualizados em outro.

Para converter um arquivo de um formato para outro na linha de comando do Linux pode-se usar o comando iconv. Vejamos alguns exemplos.

• Voce tem um arquivo exemplo1.tex digitado em um sistema ISO-8859-1 e quer converter para UTF-8 gerando o arquivo com nome exemplo1a.tex (vamos preservar o original por segurança, se vc quiser depois renomeie o arquivo)

$ iconv -f ISO-8859-1 -t UTF-8 -o exemplo1a.tex exemplo1.tex 

• Voce tem um arquivo exemplo2.tex digitado em um sistema UTF-8 e quer converter para ISO-8859-1 gerando o arquivo com nome exemplo2a.tex (vamos preservar o original por segurança, se vc quiser depois renomeie o arquivo)

$ iconv -f UTF-8 -t ISO-8859-1 -o exemplo2a.tex exemplo2.tex 

Para saber qual a codificação de caracteres está sendo usada no sistema Linux que voce está usando digite:

$ locale 

1. Se voce ver na saída pt.BR é porque o sistema é ISO-8859-1
2. Se voce ver na saída pt.BR.UTF-8 é porque o sistema é UTF-8

Uso no : o preâmbulo de seu documento deve ter:

1. para ISO-8859-1:

   \usepackage[latin1]{inputenc} 

2. para UTF-8:

   \usepackage[utf8]{inputenc}

Os comandos do R a seguir podem definir o enconding desejado em uma sessão. Isto é particularmente útil gerando documentos via Sweave. Note que isto vai gerar o documento em um computador com certa codificação e que pode ser incompativel em outra maquina. Neste caso é necessário usar o iconv descrito anteriormente para converter de um formato para outro antes de compilar o documento LaTeX.

options(encoding="UTF-8") 

options(encoding="latin1")