pessoais:walmes:cursoragrarias2012

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walmes criada
+++ pessoais:walmes:cursoragrarias2012 [2012/10/28 20:28] (atual)
walmes
@@ Linha 3: / Linha 3: @@
 === Descrição ===
-Disciplina: Tópicos Especiais - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\
+Disciplina: Tópicos Especiais (AF 722) - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\
+Professor Coordenador: PhD. Louise Larissa May De Mio \\
 Professor Coordenador: PhD. [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\
 Professor Colaborador: MSc. [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\
-Nº de Créditos: 2 \\
+Nº de Créditos: 4 \\
-Carga horária: 30h \\
+Carga horária: 60h \\
-Período Letivo: 7 à 11 de Fevereiro de 2011 \\
+Período Letivo: 2º semestre de 2012 \\
+=== Referências bibliográficas ===
+<bibtex>
+@TechReport{ribeiro_jr-leg,
+	url = {http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.pdf},
+	year = {2009},
+	author = {Paulo Justiniano {Ribeiro Júnior}},
+	title = {Introdução ao Ambiente Estatístico R}
+}
+@TechReport{faraway-cran,
+	url = {http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf},
+	year = {2002},
+	author = {Julian J. Faraway},
+	title = {Practical Regression and Anova using {R}}
+}
+@book{faraway_linear_2005,
+        title = {Linear models with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Linear%20Models%20with%20R.pdf},
+	isbn = {9781584884255},
+	publisher = {Chapman \& Hall/{CRC}},
+	author = {Julian James Faraway},
+	year = {2005},
+	pages = {244}
+}
+@book{venables_modern_2002,
+	title = {Modern applied statistics with S},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Modern%20Applied%20Statistical%20Methods%20with%20S%20plus.pdf},
+	isbn = {9780387954578},
+	publisher = {Birkhäuser},
+	author = {William N. Venables and Brian D. Ripley},
+	year = {2002},
+	pages = {518}
+}
+@book{everitt_handbook_2009,
+	edition = {2},
+	title = {A Handbook of Statistical Analyses Using R, Second Edition},
+        %url = {http://www.maths.bath.ac.uk/~jjf23/ELM/},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/A%20handbook%20of%20statistical%20analyses%20using%20R.pdf},
+	isbn = {1420079336},
+	publisher = {Chapman \& Hall},
+	author = {Brian S. Everitt and Torsten Hothorn},
+	month = jul,
+	year = {2009}
+}
+@book{dalgaard_introductory_2008,
+	edition = {2nd},
+	title = {Introductory Statistics with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Introductory%20Statistics%20with%20R.pdf},
+	isbn = {0387790535},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Peter Dalgaard},
+	month = aug,
+	year = {2008}
+}
+@book{dobson_introduction_2008,
+	edition = {3},
+	title = {An Introduction to Generalized Linear Models, Third Edition},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/An%20introduction%20to%20generalized%20linear%20models.pdf},
+	isbn = {1584889500},
+	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
+	author = {Annette J. Dobson and Adrian Barnett},
+	month = may,
+	year = {2008}
+}
+@book{ritz_nonlinear_2008,
+	edition = {1},
+	title = {Nonlinear Regression with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Nonlinear%20Regression%20with%20R.pdf},
+	isbn = {0387096159},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Christian Ritz and Jens Carl Streibig},
+	month = nov,
+	year = {2008}
+}
+@book{sarkar_lattice:_2008,
+	edition = {1},
+	title = {Lattice: Multivariate Data Visualization with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Lattice%20Multivariate%20Data%20Visualization%20with%20R.pdf},
+	isbn = {0387759689},
+	shorttitle = {Lattice},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Deepayan Sarkar},
+	month = mar,
+	year = {2008}
+}
+@book{murrell_r_2005,
+	edition = {1},
+	title = {R Graphics},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/R%20Graphics.pdf},
+	isbn = {{158488486X}},
+	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
+	author = {Paul Murrell},
+	month = jul,
+	year = {2005}
+}
+</bibtex>
+=== Material usado no curso ===
+Diretório com arquivos de dados e scripts do curso: {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/}}
+=== Cronograma de atividades do Curso ===
+  * Manhã (M): 09:00-10:30, 10:50-12:00;
+  * Tarde (T): 13:30-15:00, 15:20-14:30;
+^  Data  ^  Atividade  ^  Script  ^
+| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. Introdução ao R, download, instação, primeiros passos. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula1.R]] |
+| aula 02, 10/09 (M) seg | Importação de dados no formato texto. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula2.R]] |
+| aula 03, 13/09 (M) qui | Importação e visualização de dados. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula3.R]] |
+| aula 04, 14/09 (M) sex | Aplicando filtros, selecionando subconjuntos e gráficos da lattice. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula4.R]] |
+| aula 05, 22/10 (M) seg | Simulando dados, regressão polinomial e não linear. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula5.R]] |
+| aula 06, 25/10 (M) qui | Análise de experimento com alternativas para satisfazer os pressupostos. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula6.R]] |
+| aula 07, 26/10 (M) sex | Análise de experimento, ajuste de polinômio e modelos segmentados. | [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/aula7.R]] |
+| aula 08, 01/11 (M) qui | Programado: aula teórica análise contagem e proporção. | |
+| aula 09, 01/11 (T) qui | Programado: exposição dos casos experimentais. | |
+| aula 10, 28/11 (M) qua | Programado: (08:00-12:00) exposição das análises dos dados. | |
+=== Vídeos ===
+  * {{http://www.youtube.com/watch?v=ExVhaN36jBs|Least Squares Regression Line Notes}};
+  * {{http://www.youtube.com/watch?v=0cUFTQs-PUo&feature=related|Least Squares Regression}};
+  * {{http://www.youtube.com/watch?v=MIqyiGvrUXE&feature=related|Introductory Statistics - Chapter 10: Regression}};
+  * {{http://www.r-tutor.com/elementary-statistics/hypothesis-testing|Hypotesis test with R}};
+=== Código ===
+<code>
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+vol <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/volume.txt",
+                  header=TRUE, sep="\t")
+str(vol)
+vol$dos <- factor(vol$dose)
+xyplot(volu~dose|gen, data=vol)
+m0 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol)
+anova(m0)
+par(mfrow=c(2,2)); plot(m0); layout(1)
+boxcox(m0)
+m1 <- aov((volu^(1/3))~gen+dos+gen:dos, data=vol)
+par(mfrow=c(2,2)); plot(m1); layout(1)
+anova(m1)
+with(vol, fat2.crd(gen, dos, volu^(1/3), mcomp=c("sk","tukey")))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+plot(residuals(m0)~vol$dos)
+plot(residuals(m0)~vol$dose)
+qqmath(~residuals(m0)|vol$dose)
+pesos <- tapply(residuals(m0), vol$dose, var)
+vol$pesos <- rep(pesos, each=27)
+m2 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol, weights=1/vol$pesos)
+par(mfrow=c(2,2)); plot(m2); layout(1)
+anova(m2)
+require(doBy)
+popMeans(m2, effect="gen")
+popMeans(m2, effect="dos")
+popMeans(m2, effect=c("gen", "dos"))
+require(agricolae)
+glr <- df.residual(m2)
+s2 <- deviance(m2)/df.residual(m2)
+with(subset(vol, dose=="0"),
+     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[1]*s2))
+with(subset(vol, dose=="5"),
+     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[2]*s2))
+with(subset(vol, dose=="25"),
+     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[3]*s2))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+# dose em cada genótipo
+X <- popMatrix(m2, effect=c("gen", "dos"))
+contr <- expand.grid(gen=levels(vol$gen), dos=levels(vol$dos))
+which(contr$gen=="ATF06B")
+contr.x <- rbind("0vs5"=X[1,]-X[10,],
+                 "0vs25"=X[1,]-X[19,],
+                 "5vs25"=X[10,]-X[19,])
+contr.x%*%coef(m2) # estimativas dos contrastes
+contr.x%*%vcov(m2)%*%t(contr.x)
+summary(glht(m2, linfct=contr.x))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+# fizemos isso para um único nível de gen, o código abaixo faz para todos
+lM <- lapply(levels(vol$gen),
+             function(g){
+               X[contr$gen==g,]
+             })
+lM
+com <- combn(3, 2)
+compr <- lapply(lM,
+                function(i){
+                  m <- t(apply(com, 2, function(j) i[j[1],]-i[j[2],]))
+                })
+names(compr) <- levels(vol$gen)
+compr
+lapply(compr, function(g) summary(glht(m2, linfct=g)))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+# colocando os resultados em um gráfico com IC
+IC <- lapply(compr, function(g) confint(glht(m2, linfct=g)))
+IC <- lapply(IC, "[[", "confint") #IC[[1]]$confint
+IC <- do.call(rbind, IC)
+nm <- apply(com, 2, function(i) paste(levels(vol$dos)[i[1]], levels(vol$dos)[i[2]], sep="vs"))
+IC <- cbind(expand.grid(compr=nm, gen=levels(vol$gen)), IC)
+str(IC)
+require(latticeExtra)
+segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC)
+segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9),
+        strip.left=TRUE, strip=FALSE,
+        draw.bands=FALSE, centers=Estimate,
+        segments.fun=panel.arrows, ends="both",
+        angle=90, length=1, unit="mm")
+segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9),
+        strip.left=TRUE, strip=FALSE,
+        draw.bands=FALSE, centers=Estimate,
+        segments.fun=panel.arrows, ends="both",
+        angle=90, length=1, unit="mm",
+        panel=function(...){
+          panel.segplot(...)
+          panel.abline(v=0, col=2)
+        })
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+</code>

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