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pessoais:walmes:cursorcnpaf2 [2012/11/11 10:55] walmes |
pessoais:walmes:cursorcnpaf2 [2012/11/16 14:27] (atual) walmes [Questionário de avaliação do Curso] |
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|---|---|---|---|
| Linha 1: | Linha 1: | ||
| ====== Aplicação de modelos mistos por meio da ferramenta R ====== | ====== Aplicação de modelos mistos por meio da ferramenta R ====== | ||
| - | {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf2/capa.png?1400 |}} | + | /*{{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf2/capa.png?800 |}}*/ |
| + | {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf2/DSC08899.JPG?800|}} | ||
| + | Foto com os participantes do Curso (da esquerda para direita): Eu, Alexandre Bryan Heinemann, José Manoel Colombari, Mellissa Ananias Soler da Silva, Orlando Peixoto de Moraes, Gisele, Roberto Miranda Pacheco, Aluana Golçalves de Abreu, Flávio Breseghello, Luiz Fernando Stone, Rodrigo Gomes Branquinho, Murillo Lobo Júnior, Thaís de Moraes Falleiros Suassuna, Adriano Pereira de Castro, Nelson Dias Suassuna, Luice Gomes Bueno, Gabriel Moura Massarin, João Batista Duarte (ausente da foto). | ||
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| Linha 33: | Linha 35: | ||
| {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf2/folder.jpg?480|}} | {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf2/folder.jpg?480|}} | ||
| + | |||
| + | Em função de necessidades específicas dos participantes do Curso, o conteúdo previsto foi parcialmente modificado durante a condução do mesmo. | ||
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| Linha 43: | Linha 47: | ||
| ==== Links úteis ==== | ==== Links úteis ==== | ||
| + | * Modelos mistos e lme4: | ||
| + | * {{http://lme4.r-forge.r-project.org/|lme4 - Mixed-effects models project}}. | ||
| + | * {{http://wiki.math.yorku.ca/index.php/SPIDA_2009:_Mixed_Models_with_R|SPIDA 2009: Mixed Models with R}}; | ||
| + | * {{http://www.matfys.kvl.dk/stat/phdcourses/mixed/|Mixed Linear Models 2010}}; | ||
| + | * {{http://people.math.aau.dk/~rw/Undervisning/Mat6F12/|Mat 6 spring 2012 - Mixed models}}; | ||
| + | |||
| + | * Experimentos em geral, GUIs e R: | ||
| + | * {{http://cran.r-project.org/|CRAN}}, o site do R: {{http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|download}}, {{http://cran.r-project.org/manuals.html|manuais do R}} e {{http://cran.r-project.org/other-docs.html|tutoriais em geral}}; | ||
| + | * Material do Curso do Professor {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/sofware:material-r|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior}} (UFPR); | ||
| + | * Página de descrição da {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr|[R-br]}}, a lista Brasileira oficial de usuários do R; | ||
| + | * Arquivo de mensagens da [R-br] hospedada pelo {{http://r-br.2285057.n4.nabble.com/|Nabble}}; | ||
| + | * {{http://r-project.markmail.org/search/?q=|MarkMail}}, maior gerenciador de listas de discussão sobre R; | ||
| + | * {{http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/|Emacs}} para Windows; | ||
| + | * O básico de {{http://liutaiomottola.com/myth/expdesig.html|delineamento}} experimental; | ||
| + | * {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Vikneswaran-ED_companion.pdf|Compendio}} R de delineamento experimental; | ||
| + | * Manual R de {{http://www.biostat.uni-hannover.de/fileadmin/institut/pdf/RMANUAL_ENGLISH.PDF|biometria}}, por Katharina Hoff; | ||
| + | * Material do {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf|John Faraway}}, Anova e regressão com o R; | ||
| - | * {{http://cran.r-project.org/|CRAN}}, o site do R: {{http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|download}}, {{http://cran.r-project.org/manuals.html|manuais do R}} e {{http://cran.r-project.org/other-docs.html|tutoriais em geral}}; | ||
| - | * Página de {{http://www.rstudio.org/download/desktop|download do RStudio}}, a interface mais amigável do R; | ||
| - | * Material do Curso do Professor {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/sofware:material-r|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior}} (UFPR); | ||
| - | * Material do Cursos do Professor {{http://www.dex.ufla.br/~danielff/index.htm|Daniel Furtado Ferreira}} (UFLA); | ||
| - | * Dicas curtas sobre R, as {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas|Rídiculas do LEG}}; | ||
| - | * Página de descrição da {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr|[R-br]}}, a lista Brasileira oficial de usuários do R; | ||
| - | * Arquivo de mensagens da [R-br] hospedada pelo {{http://r-br.2285057.n4.nabble.com/|Nabble}}; | ||
| - | * Página de R por {{http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/all.html|Vincent Zoonekynd}} (muuuita coisa!); | ||
| - | * Página de tutoriais em R para estatística, {{http://www.r-tutor.com/|R tutorial}}; | ||
| - | * {{http://www.r-bloggers.com/|R-bloggers}}, o blog dos blogs de R; | ||
| - | * {{http://r-project.markmail.org/search/?q=|MarkMail}}, maior gerenciador de listas de discussão sobre R; | ||
| - | * {{http://www.statmethods.net/index.html|Quick-R}}, blog de como fazer coisas com o R; | ||
| - | * {{http://www.ats.ucla.edu/stat/|UCLA}} e {{http://www.ats.ucla.edu/stat/dae/|tutoriais}} sobre análise de dados com o R; | ||
| - | * {{http://animation.yihui.name/|Aniwiki}}, animações didáticas com o R; | ||
| - | * {{http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/|Emacs}} para Windows; | ||
| - | * {{http://rtricks.wordpress.com/|R-tricks}}, dicas e malandragens com o R; | ||
| - | * {{http://egret.psychol.cam.ac.uk/statistics/R/graphs1.html|Gráficos básicos}} com o R; | ||
| - | * {{http://sites.google.com/site/marcosfs2006/material_r|Materiais}} em português sobre R; | ||
| - | * {{http://addictedtor.free.fr/graphiques/|R gallery}}, a galeria de gráficos requintados do R; | ||
| - | * Página {{http://rwiki.sciviews.org/doku.php|WIKI}} do R; | ||
| - | * {{http://www2.ekol.slu.se/wiki/index.php/Learn_R|Learn R}} da página do Departamento de Ecologia da Wright State University. | ||
| - | * O básico de {{http://liutaiomottola.com/myth/expdesig.html|delineamento}} experimental; | ||
| - | * {{http://www.r-tutor.com/|R-tutor}}, tutoriais sobre R; | ||
| - | * {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Vikneswaran-ED_companion.pdf|Compendio}} R de delineamento experimental; | ||
| - | * {{http://www.utdallas.edu/~herve/R_comp4Abdi_ExperimentalDesign.pdf|Compendio}} R para análise de delineamento experimental em psicologia; | ||
| - | * Manual R de {{http://www.biostat.uni-hannover.de/fileadmin/institut/pdf/RMANUAL_ENGLISH.PDF|biometria}}, por Katharina Hoff; | ||
| - | * Material do {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf|John Faraway}}, Anova e regressão com o R; | ||
| - | * Tutorial do {{http://www.rensenieuwenhuis.nl/documents/Applied%20R.pdf|Rense Nieuwenhuis}}, R aplicado para o cientista social quantitativo; | ||
| - | * Manual R que acompanha o livro Categorical Data Analysis, por {{https://home.comcast.net/~lthompson221/Splusdiscrete2.pdf|Laura Thompson}}. | ||
| - | * Página do Professor {{https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1|Eric Batista Ferreira}} desenvolvedor do pacote não oficial **ExpDes**; | ||
| - | * Apostila de Estatística Experimental da Pesquisadora {{http://www.cnpab.embrapa.br/publicacoes/download/doc163.pdf|Janaína Ribeiro Costa}} (Embrapa); | ||
| - | * Cartilha de referência do R por {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf|Tom Short}}, traz um resumo das funções mais usadas; | ||
| - | * Lista das abreviações dos pacotes e funções do R por {{http://jeromyanglim.blogspot.com/2010/05/abbreviations-of-r-commands-explained.html|Jeromy Anglim}}; | ||
| - | * Página da disciplina de {{http://www.leg.ufpr.br/ce223|Estatística Computacional}} que ensina o R como aplicativo estatístico e ferramenta computacional. Os scripts usados em aula estão disponíveis e são arquivos reproduzíveis. | ||
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| - | ==== Cronograma de atividades do Curso ==== | ||
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| - | ^ Data ^ Conteúdo ^ | ||
| - | | | | | ||
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| - | | | | | ||
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| ==== Referências bibliográficas ==== | ==== Referências bibliográficas ==== | ||
| <bibtex> | <bibtex> | ||
| - | @TechReport{ribeiro_jr-leg, | + | @book{pinheiro_mixed-effects_2009, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.pdf}, | + | edition = {1st ed. 2000. 2nd printing}, |
| - | year = {2009}, | + | title = {Mixed-Effects Models in S and {S-PLUS}}, |
| - | author = {Paulo Justiniano {Ribeiro Júnior}}, | + | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Mixed%20Effects%20Models%20in%20S%20and%20S-Plus.pdf}, |
| - | title = {Introdução ao Ambiente Estatístico R} | + | isbn = {1441903178}, |
| + | publisher = {Springer}, | ||
| + | author = {Jos\'{e} Pinheiro and Douglas Bates}, | ||
| + | month = apr, | ||
| + | year = {2009} | ||
| } | } | ||
| - | @TechReport{faraway-cran, | + | @book{Zuur2009, |
| - | url = {http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf}, | + | author = {Zuur, Alain F. and Ieno, Elena N. and Walker, Neil and Saveliev, Anatoly A. and Smith, Graham M.}, |
| - | year = {2002}, | + | isbn = {0387874577}, |
| - | author = {Julian J. Faraway}, | + | pages = {596}, |
| - | title = {Practical Regression and Anova using {R}} | + | publisher = {Springer}, |
| + | title = {{Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R (Statistics for Biology and Health)}}, | ||
| + | url = {http://www.amazon.com/Effects-Extensions-Ecology-Statistics-Biology/dp/0387874577}, | ||
| + | year = {2009} | ||
| } | } | ||
| - | @book{faraway_linear_2005, | + | @book{Schabenberger2001, |
| - | title = {Linear models with R}, | + | author = {Schabenberger, Oliver and Pierce, Francis J.}, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Linear%20Models%20with%20R.pdf}, | + | isbn = {1584881119}, |
| - | isbn = {9781584884255}, | + | pages = {738}, |
| - | publisher = {Chapman \& Hall/{CRC}}, | + | publisher = {CRC Press}, |
| - | author = {Julian James Faraway}, | + | title = {{Contemporary Statistical Models for the Plant and Soil Sciences}}, |
| - | year = {2005}, | + | url = {http://www.amazon.com/Contemporary-Statistical-Models-Plant-Sciences/dp/1584881119}, |
| - | pages = {244} | + | year = {2001} |
| } | } | ||
| - | @book{venables_modern_2002, | + | @book{Saxton2004, |
| - | title = {Modern applied statistics with S}, | + | author = {Saxton, Arnold}, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Modern%20Applied%20Statistical%20Methods%20with%20S%20plus.pdf}, | + | isbn = {1590475070}, |
| - | isbn = {9780387954578}, | + | pages = {312}, |
| - | publisher = {Birkhäuser}, | + | publisher = {SAS Institute}, |
| - | author = {William N. Venables and Brian D. Ripley}, | + | title = {{Genetic Analysis of Complex Traits Using SAS}}, |
| - | year = {2002}, | + | url = {http://www.amazon.com/Genetic-Analysis-Complex-Traits-Using/dp/1590475070}, |
| - | pages = {518} | + | year = {2004} |
| } | } | ||
| - | + | @book{Brown2006, | |
| - | @book{everitt_handbook_2009, | + | author = {Brown, Helen and Prescott, Robin}, |
| - | edition = {2}, | + | isbn = {0470023562}, |
| - | title = {A Handbook of Statistical Analyses Using R, Second Edition}, | + | pages = {476}, |
| - | %url = {http://www.maths.bath.ac.uk/~jjf23/ELM/}, | + | publisher = {Wiley}, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/A%20handbook%20of%20statistical%20analyses%20using%20R.pdf}, | + | title = {{Applied Mixed Models in Medicine (Statistics in Practice)}}, |
| - | isbn = {1420079336}, | + | url = {http://www.amazon.com/Applied-Models-Medicine-Statistics-Practice/dp/0470023562}, |
| - | publisher = {Chapman \& Hall}, | + | year = {2006} |
| - | author = {Brian S. Everitt and Torsten Hothorn}, | + | |
| - | month = jul, | + | |
| - | year = {2009} | + | |
| } | } | ||
| - | @book{dalgaard_introductory_2008, | + | @book{Ph.D.2006, |
| - | edition = {2nd}, | + | author = {Ph.D. and Littell, Russell C. and Milliken, George A. and Stroup, Walter W. and Wolfinger, Russell D. and Schabenberger, Oliver}, |
| - | title = {Introductory Statistics with R}, | + | isbn = {1590475003}, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Introductory%20Statistics%20with%20R.pdf}, | + | pages = {840}, |
| - | isbn = {0387790535}, | + | publisher = {SAS Institute}, |
| - | publisher = {Springer}, | + | title = {{SAS for Mixed Models, Second Edition}}, |
| - | author = {Peter Dalgaard}, | + | url = {http://www.amazon.com/SAS-Mixed-Models-Second-Edition/dp/1590475003}, |
| - | month = aug, | + | year = {2006} |
| - | year = {2008} | + | |
| } | } | ||
| - | @book{dobson_introduction_2008, | + | @book{West2006, |
| - | edition = {3}, | + | author = {West, Brady T. and Welch, Kathleen B. and Galecki, Andrzej T}, |
| - | title = {An Introduction to Generalized Linear Models, Third Edition}, | + | isbn = {1584884800}, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/An%20introduction%20to%20generalized%20linear%20models.pdf}, | + | pages = {376}, |
| - | isbn = {1584889500}, | + | publisher = {Chapman and Hall/CRC}, |
| - | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | + | title = {{Linear Mixed Models: A Practical Guide Using Statistical Software}}, |
| - | author = {Annette J. Dobson and Adrian Barnett}, | + | url = {http://www.amazon.com/Linear-Mixed-Models-Practical-Statistical/dp/1584884800}, |
| - | month = may, | + | year = {2006} |
| - | year = {2008} | + | |
| } | } | ||
| - | @book{ritz_nonlinear_2008, | + | @book{Verbeke2009, |
| - | edition = {1}, | + | author = {Verbeke, Geert and Molenberghs, Geert}, |
| - | title = {Nonlinear Regression with R}, | + | isbn = {1441902996}, |
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Nonlinear%20Regression%20with%20R.pdf}, | + | pages = {592}, |
| - | isbn = {0387096159}, | + | publisher = {Springer}, |
| - | publisher = {Springer}, | + | title = {{Linear Mixed Models for Longitudinal Data (Springer Series in Statistics)}}, |
| - | author = {Christian Ritz and Jens Carl Streibig}, | + | url = {http://www.amazon.com/Linear-Models-Longitudinal-Springer-Statistics/dp/1441902996}, |
| - | month = nov, | + | year = {2009} |
| - | year = {2008} | + | |
| } | } | ||
| Linha 184: | Linha 164: | ||
| year = {2008} | year = {2008} | ||
| } | } | ||
| - | |||
| - | @book{murrell_r_2005, | ||
| - | edition = {1}, | ||
| - | title = {R Graphics}, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/R%20Graphics.pdf}, | ||
| - | isbn = {{158488486X}}, | ||
| - | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
| - | author = {Paul Murrell}, | ||
| - | month = jul, | ||
| - | year = {2005} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @book{maindonald_data_2010, | ||
| - | edition = {3}, | ||
| - | title = {Data Analysis and Graphics Using R: An Example-Based Approach}, | ||
| - | isbn = {0521762936}, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Data%20Analysis%20and%20Graphics%20Using%20R%203rd.pdf}, | ||
| - | shorttitle = {Data Analysis and Graphics Using R}, | ||
| - | publisher = {Cambridge University Press}, | ||
| - | author = {John Maindonald and W. John Braun}, | ||
| - | month = jun, | ||
| - | year = {2010} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @book{pinheiro_mixed-effects_2009, | ||
| - | edition = {1st ed. 2000. 2nd printing}, | ||
| - | title = {Mixed-Effects Models in S and {S-PLUS}}, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Mixed%20Effects%20Models%20in%20S%20and%20S-Plus.pdf}, | ||
| - | isbn = {1441903178}, | ||
| - | publisher = {Springer}, | ||
| - | author = {Jos\'{e} Pinheiro and Douglas Bates}, | ||
| - | month = apr, | ||
| - | year = {2009} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @book{cox_theory_2000, | ||
| - | edition = {1}, | ||
| - | title = {The Theory of the Design of Experiments}, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/The%20theory%20of%20the%20design%20of%20experiments.pdf}, | ||
| - | isbn = {{158488195X}}, | ||
| - | publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, | ||
| - | author = {{D.R.} Cox and Nancy Reid}, | ||
| - | month = jun, | ||
| - | year = {2000} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @TechReport{beasley:04, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Beasley-BioestatisticaUsandoR.pdf}, | ||
| - | year = {2004}, | ||
| - | author = {Colin Robert Beasley}, | ||
| - | title = {Bioestatística usando o R - apostila de exemplos para o biólogo} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @TechReport{correa-gonzales:2002, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Gr%c3%a1ficos%20Estat%c3%adsticos%20no%20R.pdf}, | ||
| - | year = {2002}, | ||
| - | author = {Juan Carlos Correa and Nelfi González}, | ||
| - | title = {Gráficos Estadísticos con R} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @TechReport{maia-etal:05, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Software%20Livre%20R%20-%20aplica%c3%a7%c3%a3o%20estat%c3%adstica%20(vi%c3%a7osa).pdf}, | ||
| - | year = {2005}, | ||
| - | author = {Emanuel Fernando Maia de Souza and Luiz Alexandre Peternelli and Márcio Pupin de Mello}, | ||
| - | title = {Software Livre R: aplicação estatística} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| - | @TechReport{monteiro:06, | ||
| - | url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/biometria.pdf}, | ||
| - | year = {2006}, | ||
| - | author = {Leandro R Monteiro}, | ||
| - | title = {Introdução à biometria usando o R} | ||
| - | } | ||
| - | |||
| </bibtex> | </bibtex> | ||
| Linha 265: | Linha 171: | ||
| ==== Questionário de avaliação do Curso ==== | ==== Questionário de avaliação do Curso ==== | ||
| - | Clique para responder o **[[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?hl=pt_BR&formkey=dC1UUldWVWZ0QTRLcldhT0hTMm9BNUE6MA#gid=0|questionário sobre avaliação do Curso]]**. Não é necessário identificação. O questionário serve para aperfeiçoamento do Curso, portanto, resposta às questões com total sinceridade. Certo de sua colaboração, agradeço. | + | Clique para responder o **[[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHMxSjRLUUJtTzlPM0NHeDgtajV1Rnc6MA#gid=0|questionário sobre avaliação do Curso]]**. Não é necessário identificação. O questionário serve para aperfeiçoamento do Curso, portanto, resposta às questões com total sinceridade. Certo de sua colaboração, agradeço. |
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