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walmes
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walmes [Materiais do curso]
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 ====== Curso em análise de experimentos com afastamento das pressuposições ======
+{{:pessoais:walmes:dsc05114_2_.jpg?nolink&800|}}
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 ==== Descrição ====
-Curso ministrado pelo Professor M.Sc. [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes|Walmes Marques Zeviani]] aos Pesquisadores da [[http://www.cpao.embrapa.br/|Embrapa Agropecuária Oeste]]. O Curso tem o objetivo de apresentar o programa R e sua aplicação na análise de dados de experimentos agronômicos dando enfase no tratamento de experimentos não regulares, ou seja, aqueles que apresentam desvios de pressupostos do modelo de análise de variância/regressão. O Curso será ministrado na [[https://maps.google.com.br/maps?daddr=-22%C2%B0+16'+27.35%22,+-54%C2%B0+49'+0.71%22+(-22.274264,+-54.816864)&hl=pt-BR&ie=UTF8&ll=-22.274443,-54.81755&spn=0.011715,0.01929&sll=-22.274423,-54.816928&sspn=0.011715,0.01929&geocode=CWgapj0foQQVFSgfrP4doI-7_A&t=h&mra=mift&z=16|sede]] Embrapa Arroz e Feijão no período de 25 à 29 de junho de 2012, das 08:00 às 11:00 e 13:00 às 16 horas, perfazendo um total de 30 horas de Curso.
+Curso ministrado pelo Professor M.Sc. [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes|Walmes Marques Zeviani]] aos Pesquisadores da [[http://www.cpao.embrapa.br/|Embrapa Agropecuária Oeste]]. O Curso tem o objetivo de apresentar o programa R e sua aplicação na análise de dados de experimentos agronômicos dando enfase no tratamento de experimentos não regulares, ou seja, aqueles que apresentam desvios de pressupostos do modelo de análise de variância/regressão. O Curso será ministrado na [[https://maps.google.com.br/maps?daddr=-22%C2%B0+16'+27.35%22,+-54%C2%B0+49'+0.71%22+(-22.274264,+-54.816864)&hl=pt-BR&ie=UTF8&ll=-22.274443,-54.81755&spn=0.011715,0.01929&sll=-22.274423,-54.816928&sspn=0.011715,0.01929&geocode=CWgapj0foQQVFSgfrP4doI-7_A&t=h&mra=mift&z=16|sede]] Embrapa Agropecuária Oeste no período de 25 à 29 de junho de 2012, das 08:00 às 11:00 e 13:00 às 16 horas, perfazendo um total de 30 horas de Curso.
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-==== Ementa da disciplina ====
-Introdução a linguagem e interface de trabalho; Importação de dados; Análise exploratória de dados; Testes de significâncias; Análise de regressão linear e não linear; Análise de dados em delineamentos experimentais; Análise de experimentos com respostas do tipo proporção e contagem.
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 ==== Justificativa ====
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 ==== Conteúdo ====
-    * Revisão sobre download, instalação do programa e da interface gráfica;
+  * Nivelamento e revisão com relação aos modelos estatísticos para os experimentos mais comuns, os pressupostos envolvidos e formas de verificar os pressupostos.
-    * Revisão sobre manipulação de objetos e funções no R: definição de objeto, tipos de objeto, criação, acesso e modificação de objetos, criação e aplicação de funções;
+  * O método da máxima verossimilhança: função de verossimilhança, estimação, intervalos de confiança, regiões de confiança, teste de hipótese.
-    * Importação de dados e análise exploratória: entrada de dados por arquivo externo, análise gráfica exploratória;
+  * Modelos lineares generalizados: distribuições pertencentes, pressuposições, estimação, teste de hipótese, predição, estudo de caso;
-    * Estatística básica: estatísticas descritivas de posição, dispersão, assimetria, curtose, gráficos de distribuição de frequência, teste de normalidade, teste de aderência, geração de números aleatórios, teste de hipótese e intervalos de confiança para médias, proporções, variâncias e correlações.
+  * Modelos de análise de sobrevivência: distribuições envolvidas, pressuposições, estimação, teste de hipótese, predição, estudos de caso;
-    * Regressão linear: preparação dos dados, definição do modelo e pressuposições, estimação dos parâmetros, interpretação dos parâmetros, análise de resíduos e checagem das pressuposições do modelo, medidas de influência, inferência para os parâmetros (teste de hipótese, intervalos de confiança, regiões de confiança), predição de valores, elaboração de gráficos, procedimento stepwise, critério de AIC e BIC, remoção de outliers, transformação de dados;
+  * Transformações nas variáveis para atender a normalidade e/ou homocedasticidade em modelos gaussianos;
-    * Regressão não linear: definição, exemplos, preparação dos dados, definição do modelo, estimação dos parâmetros, análise de resíduos, inferência para os parâmetros (teste de hipótese, intervalos de confiança, teste da razão de verossimilhança), comparação de curvas ajustadas, ajuste de modelos com restrição na estimação dos parâmetros, predição de valores, elaboração de gráficos;
+  * Modelos lineares gaussianos com modelagem da variância: estimação, teste de hipótese, predição, estudos de caso;
-    * Análise de experimentos balanceados: experimento em delineamento inteiramente casualizado com fator qualitativo (um fator e fatorial duplo), experimento em blocos casualizados com fator qualitativo (um fator e fatorial duplo), experimento fatorial duplo com tratamentos adicionais (testemunhas), análise de covariância, modelos de regressão polinomial na análise de variância (fatorial qualitativo x quantitativo), fatorial com fatores quantitativos (modelos de superfície de resposta), experimento em parcela subdividida e subsubdividida, faixa e medida repetida no tempo, análise de resíduos, checagem das pressuposições do modelo, transformação de dados, testes de médias e contrastes,
+  * Modelos lineares gaussianos com modelagem correlação (estudos longitudinais, medidas repetidas): estimação, teste de hipótese, predição, estudos de caso;
-    * Análise de experimentos não balanceados/ortogonais: experimento com um fator em delineamento inteiramente casualizado e blocos casualizados, anova e teste de médias, análise de experimento em blocos incompletos, alfa-látices, análise de experimentos com fator de efeito aleatório, inclusão de co-variáveis nos modelos,
+  * Modelos lineares gaussianos com termos de efeito aleatório e estimação de componentes de variância;
-    * Introdução a análise de experimentos com respostas não normais: definição de modelo linear generalizado, estimação de parâmetros, métodos de inferência, análise respostas do tipo proporção, análise de respostas do tipo contagem;
+  * Modelos não lineares: estimação, intervalos de confiança, teste de hipótese, predição, comparação de parâmetros e/ou curvas de regressão, estudos de caso;
+  * Tópicos em análise não paramétrica de experimentos.
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 ==== Materiais do curso ====
-  * Diretório com todos os {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnpaf/|arquivos do Curso}};
+  * Diretório com todos os {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cpao/|arquivos do Curso}};
+  * Apresentação Prezi {{http://prezi.com/nldtrhcqyaql/estatistica-experimental/}};
+  * Experimental Designs for Research in Education {{http://prezi.com/-nfyorqf2gyw/experimental-designs-for-research-in-education/}};
+----
+==== Links úteis ====
+  * {{http://cran.r-project.org/|CRAN}}, o site do R: {{http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|download}}, {{http://cran.r-project.org/manuals.html|manuais do R}} e {{http://cran.r-project.org/other-docs.html|tutoriais em geral}};
+  * Página de {{http://www.rstudio.org/download/desktop|download do RStudio}}, a interface mais amigável do R;
+  * Material do Curso do Professor {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/sofware:material-r|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior}} (UFPR);
+  * Material do Cursos do Professor {{http://www.dex.ufla.br/~danielff/index.htm|Daniel Furtado Ferreira}} (UFLA);
+  * Dicas curtas sobre R, as {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas|Rídiculas do LEG}};
+  * Página de descrição da {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr|[R-br]}}, a lista Brasileira oficial de usuários do R;
+  * Arquivo de mensagens da [R-br] hospedada pelo {{http://r-br.2285057.n4.nabble.com/|Nabble}};
+  * Página de R por {{http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/all.html|Vincent Zoonekynd}} (muuuita coisa!);
+  * Página de tutoriais em R para estatística, {{http://www.r-tutor.com/|R tutorial}};
+  * {{http://www.r-bloggers.com/|R-bloggers}}, o blog dos blogs de R;
+  * {{http://r-project.markmail.org/search/?q=|MarkMail}}, maior gerenciador de listas de discussão sobre R;
+  * {{http://www.statmethods.net/index.html|Quick-R}}, blog de como fazer coisas com o R;
+  * {{http://www.ats.ucla.edu/stat/|UCLA}} e {{http://www.ats.ucla.edu/stat/dae/|tutoriais}} sobre análise de dados com o R;
+  * {{http://animation.yihui.name/|Aniwiki}}, animações didáticas com o R;
+  * {{http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/|Emacs}} para Windows;
+  * {{http://rtricks.wordpress.com/|R-tricks}}, dicas e malandragens com o R;
+  * {{http://egret.psychol.cam.ac.uk/statistics/R/graphs1.html|Gráficos básicos}} com o R;
+  * {{http://sites.google.com/site/marcosfs2006/material_r|Materiais}} em português sobre R;
+  * {{http://addictedtor.free.fr/graphiques/|R gallery}}, a galeria de gráficos requintados do R;
+  * Página {{http://rwiki.sciviews.org/doku.php|WIKI}} do R;
+  * {{http://www2.ekol.slu.se/wiki/index.php/Learn_R|Learn R}} da página do Departamento de Ecologia da Wright State University.
+  * O básico de {{http://liutaiomottola.com/myth/expdesig.html|delineamento}} experimental;
+  * {{http://www.r-tutor.com/|R-tutor}}, tutoriais sobre R;
+  * {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Vikneswaran-ED_companion.pdf|Compendio}} R de delineamento experimental;
+  * {{http://www.utdallas.edu/~herve/R_comp4Abdi_ExperimentalDesign.pdf|Compendio}} R para análise de delineamento experimental em psicologia;
+  * Manual R de {{http://www.biostat.uni-hannover.de/fileadmin/institut/pdf/RMANUAL_ENGLISH.PDF|biometria}}, por Katharina Hoff;
+  * Material do {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf|John Faraway}}, Anova e regressão com o R;
+  * Tutorial do {{http://www.rensenieuwenhuis.nl/documents/Applied%20R.pdf|Rense Nieuwenhuis}}, R aplicado para o cientista social quantitativo;
+  * Manual R que acompanha o livro Categorical Data Analysis, por {{https://home.comcast.net/~lthompson221/Splusdiscrete2.pdf|Laura Thompson}}.
+  * Página do Professor {{https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1|Eric Batista Ferreira}} desenvolvedor do pacote não oficial **ExpDes**;
+  * Apostila de Estatística Experimental da Pesquisadora {{http://www.cnpab.embrapa.br/publicacoes/download/doc163.pdf|Janaína Ribeiro Costa}} (Embrapa);
+  * Cartilha de referência do R por {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf|Tom Short}}, traz um resumo das funções mais usadas;
+  * Lista das abreviações dos pacotes e funções do R por {{http://jeromyanglim.blogspot.com/2010/05/abbreviations-of-r-commands-explained.html|Jeromy Anglim}};
+  * Página da disciplina de {{http://www.leg.ufpr.br/ce223|Estatística Computacional}} que ensina o R como aplicativo estatístico e ferramenta computacional. Os scripts usados em aula estão disponíveis e são arquivos reproduzíveis.
+----
+==== Referências bibliográficas ====
+<bibtex>
+@TechReport{ribeiro_jr-leg,
+	url = {http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.pdf},
+	year = {2009},
+	author = {Paulo Justiniano {Ribeiro Júnior}},
+	title = {Introdução ao Ambiente Estatístico R}
+}
+@TechReport{faraway-cran,
+	url = {http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf},
+	year = {2002},
+	author = {Julian J. Faraway},
+	title = {Practical Regression and Anova using {R}}
+}
+@book{faraway_linear_2005,
+        title = {Linear models with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Linear%20Models%20with%20R.pdf},
+	isbn = {9781584884255},
+	publisher = {Chapman \& Hall/{CRC}},
+	author = {Julian James Faraway},
+	year = {2005},
+	pages = {244}
+}
+@book{venables_modern_2002,
+	title = {Modern applied statistics with S},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Modern%20Applied%20Statistical%20Methods%20with%20S%20plus.pdf},
+	isbn = {9780387954578},
+	publisher = {Birkhäuser},
+	author = {William N. Venables and Brian D. Ripley},
+	year = {2002},
+	pages = {518}
+}
+@book{everitt_handbook_2009,
+	edition = {2},
+	title = {A Handbook of Statistical Analyses Using R, Second Edition},
+        %url = {http://www.maths.bath.ac.uk/~jjf23/ELM/},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/A%20handbook%20of%20statistical%20analyses%20using%20R.pdf},
+	isbn = {1420079336},
+	publisher = {Chapman \& Hall},
+	author = {Brian S. Everitt and Torsten Hothorn},
+	month = jul,
+	year = {2009}
+}
+@book{dalgaard_introductory_2008,
+	edition = {2nd},
+	title = {Introductory Statistics with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Introductory%20Statistics%20with%20R.pdf},
+	isbn = {0387790535},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Peter Dalgaard},
+	month = aug,
+	year = {2008}
+}
+@book{dobson_introduction_2008,
+	edition = {3},
+	title = {An Introduction to Generalized Linear Models, Third Edition},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/An%20introduction%20to%20generalized%20linear%20models.pdf},
+	isbn = {1584889500},
+	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
+	author = {Annette J. Dobson and Adrian Barnett},
+	month = may,
+	year = {2008}
+}
+@book{ritz_nonlinear_2008,
+	edition = {1},
+	title = {Nonlinear Regression with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Nonlinear%20Regression%20with%20R.pdf},
+	isbn = {0387096159},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Christian Ritz and Jens Carl Streibig},
+	month = nov,
+	year = {2008}
+}
+@book{sarkar_lattice:_2008,
+	edition = {1},
+	title = {Lattice: Multivariate Data Visualization with R},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Lattice%20Multivariate%20Data%20Visualization%20with%20R.pdf},
+	isbn = {0387759689},
+	shorttitle = {Lattice},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Deepayan Sarkar},
+	month = mar,
+	year = {2008}
+}
+@book{murrell_r_2005,
+	edition = {1},
+	title = {R Graphics},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/R%20Graphics.pdf},
+	isbn = {{158488486X}},
+	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
+	author = {Paul Murrell},
+	month = jul,
+	year = {2005}
+}
+@book{maindonald_data_2010,
+	edition = {3},
+	title = {Data Analysis and Graphics Using R: An Example-Based Approach},
+	isbn = {0521762936},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Data%20Analysis%20and%20Graphics%20Using%20R%203rd.pdf},
+	shorttitle = {Data Analysis and Graphics Using R},
+	publisher = {Cambridge University Press},
+	author = {John Maindonald and W. John Braun},
+	month = jun,
+	year = {2010}
+}
+@book{pinheiro_mixed-effects_2009,
+	edition = {1st ed. 2000. 2nd printing},
+	title = {Mixed-Effects Models in S and {S-PLUS}},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Mixed%20Effects%20Models%20in%20S%20and%20S-Plus.pdf},
+	isbn = {1441903178},
+	publisher = {Springer},
+	author = {Jos\'{e} Pinheiro and Douglas Bates},
+	month = apr,
+	year = {2009}
+}
+@book{cox_theory_2000,
+	edition = {1},
+	title = {The Theory of the Design of Experiments},
+        url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/The%20theory%20of%20the%20design%20of%20experiments.pdf},
+	isbn = {{158488195X}},
+	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
+	author = {{D.R.} Cox and Nancy Reid},
+	month = jun,
+	year = {2000}
+}
+@TechReport{beasley:04,
+	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Beasley-BioestatisticaUsandoR.pdf},
+	year = {2004},
+	author = {Colin Robert Beasley},
+	title = {Bioestatística usando o R - apostila de exemplos para o biólogo}
+}
+@TechReport{correa-gonzales:2002,
+	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Gr%c3%a1ficos%20Estat%c3%adsticos%20no%20R.pdf},
+	year = {2002},
+	author = {Juan Carlos Correa and Nelfi González},
+	title = {Gráficos Estadísticos con R}
+}
+@TechReport{maia-etal:05,
+	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Software%20Livre%20R%20-%20aplica%c3%a7%c3%a3o%20estat%c3%adstica%20(vi%c3%a7osa).pdf},
+	year = {2005},
+	author = {Emanuel Fernando Maia de Souza and Luiz Alexandre Peternelli and Márcio Pupin de Mello},
+	title = {Software Livre R: aplicação estatística}
+}
+@TechReport{monteiro:06,
+	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/biometria.pdf},
+	year = {2006},
+	author = {Leandro R Monteiro},
+	title = {Introdução à biometria usando o R}
+}
+</bibtex>
+----
+==== Questionário de avaliação do Curso ====
+Clique para responder o **[[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dGJFX3VFMEJuQzhicTl1RGhycF9BN3c6MQ|questionário sobre avaliação do Curso]]**. Não é necessário identificação. O questionário serve para aperfeiçoamento do Curso, portanto, resposta às questões com total sinceridade. Certo de sua colaboração, agradeço.
+----
+==== Pacotes necessários a serem instalados ====
+<code R>
+# instala os pacotes oficiais usados durante curso via web
+install.packages(c('agricolae', 'aod', 'car', 'contrast', 'ellipse', 'fBasics',
+                   'fmsb', 'gmodels', 'gplots', 'HH', 'lattice', 'latticeExtra',
+                   'lme4', 'multcomp', 'nls2', 'nlstools', 'plotrix', 'plyr',
+                   'reshape', 'ScottKnott', 'doBy', 'nlrwr', 'memisc', 'bbmle',
+                   'rootSolve', 'gdata', 'psych', 'Hmisc', 'ExpDes'), dep=TRUE, repos='http://cran-r.c3sl.ufpr.br/')
+</code>
+----
+==== Espaço do participante (feedback) ====
+Dê sua opinião e me ajude a melhorar o curso. Critique, comente, sugira, tire dúvidas, peça a inclusão de novos procedimentos, discuta, expresse-se. Sua opinião é muito importante.
+{{threads>pessoais:walmes:cursorufgd:discussion}}
+~~DISCUSSION~
+~
-PÁGINA EM CONSTRUÇÃO
 Abordar os modelos loess, gam. Usar o livro do Faraway - Extending.
 [[http://www.gardenersown.co.uk/Education/Lectures/R/nonparam.htm|Using R for statistical analyses - Non-parametric stats]]

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