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	==== Descrição ====

	Curso ministrado pelo Professor M.Sc. {{[[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes\|Walmes Marques Zeviani}} ]] aos Docentes da Faculdade de Ciências Agrárias da Universidade Federal da Grande Dourados {{[[http://www.ufgd.edu.br/fca\|(FCA/UFGD)}}]], coordenado pela Professora D.Sc. {{[[http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4757557Y9\|Lívia Maria Chamma Davide}}]]. O Curso tem o objetivo de apresentar o programa R e sua aplicação na análise de dados de experimentos agronômicos. O Curso foi ministrado no [[http://maps.google.com.br/maps?f=q&source=s_q&hl=pt-BR&geocode=&q=Laborat%C3%B3rio+de+Geoprocessamento+-+LabGeo%2FUFGD+Unidade+II,+Dourados+-+Mato+Grosso+do+Sul&aq=t&sll=-22.194329,-54.930208&sspn=0.001123,0.002411&g=-22.194152,-54.930498&ie=UTF8&hq=Laborat%C3%B3rio+de+Geoprocessamento+-+LabGeo%2FUFGD+Unidade+II,&hnear=Dourados+-+Mato+Grosso+do+Sul&ll=-22.194111,-54.930654&spn=0.002121,0.004823&t=h&z=18&iwloc=A\|Laboratório de Geoprocessamento]] da FCH/UFGD no periódo de 25 à 29 de abril de 2011, das 19:00 às 22:30 horas.
	<googlemap width="350px" height="200px" lat="-22.194557" lon="-54.930653" type="hybrid" zoom="16">
	</googlemap>



	----

	==== Ementa da disciplina ====

	Introdução a linguagem e interface de trabalho; Importação de dados; Análise exploratória de dados; Testes de significâncias; Análise de regressão linear e não linear; Análise de dados em delineamentos experimentais; Análise de experimentos com respostas do tipo proporção e contagem.

	----

	==== Justificativa ====

	O Curso será importante para aprofundar a teoria de planejamento e análise de experimentos além de instrumentalizar os participantes com as funcionalidades do aplicativo estatístico R e expandir o conhecimento em métodos de análise de dados.

	----

	==== Conteúdo ====
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	* Introdução a análise de experimentos com respostas não normais: definição de modelo linear generalizado, estimação de parâmetros, métodos de inferência, análise respostas do tipo proporção, análise de respostas do tipo contagem;
	* Elaboração de gráficos: diagramas de dispersão, histogramas, gráficos de barras, boxplots, gráfico de funções, controle dos parâmetros gráficos e customização.

	----

	==== Materiais do curso ====
@@ Linha -32,4 +47,7 @@ ~~removida~~ criada
	* Script executável com as análises apresentadas durante o curso (arquivo em construção) : {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cursoR4-iso.R\|cursoR4.R}}.
	* Documento com as rotinas das análises apresentadas durante o curso (documento em construção/não concluído): {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cursoR4.pdf\|cursoR4.pdf}}.
	* Dados analisados no curso: {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cursoR4dados.xls\|cursoR4dados.xls}}, {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cursoR4dados.zip\|cursoR4dados.zip}} e/ou {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/\|arquivos individuais}}.

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	==== Links úteis ====
@@ Linha -37,5 +55,4 @@ ~~removida~~ criada
	* {{http://cran.r-project.org/\|CRAN}}, o site do R: {{http://cran.r-project.org/bin/windows/base/\|download}}, {{http://cran.r-project.org/manuals.html\|manuais do R}} e {{http://cran.r-project.org/other-docs.html\|tutoriais em geral}};
	* Página de {{http://www.rstudio.org/download/desktop\|download do RStudio}}, a interface mais amigável do R;
	* {{\|Cartão}} de referência do R;
	* Material do Curso do Professor {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/sofware:material-r\|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior}} (UFPR);
	* Material do Cursos do Professor {{http://www.dex.ufla.br/~danielff/index.htm\|Daniel Furtado Ferreira}} (UFLA);
@@ Linha -64,15 +81,310 @@ ~~removida~~ criada
	* Tutorial do {{http://www.rensenieuwenhuis.nl/documents/Applied%20R.pdf\|Rense Nieuwenhuis}}, R aplicado para o cientista social quantitativo;
	* Manual R que acompanha o livro Categorical Data Analysis, por {{https://home.comcast.net/~lthompson221/Splusdiscrete2.pdf\|Laura Thompson}}.
	* Página do Professor {{https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1\|Eric Batista Ferreira}} desenvolvedor do pacote não oficial ExpDes;
	* Apostila de Estatística Experimental da Pesquisadora {{http://www.cnpab.embrapa.br/publicacoes/download/doc163.pdf\|Janaína Ribeiro Costa}} (Embrapa);
	* Cartilha de referência do R por {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf\|Tom Short}}, traz um resumo das funções mais usadas;
	* Lista das abreviações dos pacotes e funções do R por {{http://jeromyanglim.blogspot.com/2010/05/abbreviations-of-r-commands-explained.html\|Jeromy Anglim}};
	* Página da disciplina de {{http://www.leg.ufpr.br/ce223\|Estatística Computacional}} que ensina o R como aplicativo estatístico e ferramenta computacional. Os scripts usados em aula estão disponíveis e são arquivos reproduzíveis.

	----

	==== Cronograma de atividades do Curso ====

	^ Data ^ Conteúdo ^
	\| SEG 25 \| Instalação do R e RStudio. ~~Intrudução ~~Introdução ao R , e RStudio, menus e janelas. Mecanismo de busca e ajuda. Criação, acesso e modificação de objetos do tipo vetor, matriz, data.frame, e ~~listas~~lista. Atributos dos objetos. Operações matemáticas e estatísticas. Obtenção de estatísticas para grupos de dados. Criação e uso de funções. Visto até o chunk number 8. \|
	\| TER 26 \| Importação de dados, seleção de dados, gráficos de dispersão, boxplot, histograma, densidade, curvas, barras, quantil-quantil, matriz de dispersão, testes de hipótese para um média normal, diferença de médias normais, uma proporção, igualdade de duas variâncias normais, teste de normalidade, teste de aderência. Visto do chunk number 9 à 14. \|
	\| QUA 27 \| Instalação de pacotes oficiais e não oficiais. Análise de dados de experimento em delineamento inteiramente causalizado (balanceado e desbalanceado), em blocos causalizados (balanceado e desbalanceado), em fatorial duplo qualitativo (balanceado). Gráficos de disgnóstico dos resíduos e checagem das pressuposições dos modelos. Teste para normalidade dos resíduos e homogeneidade de variâncias. Transformação de dados. Testes de médias e de agrupamento de médias. Visto do chunk number 34 à 49. \|
	\| QUI 28 \| Análise de dados em fatorial duplo qualitativo em blocos, qualitativo-quantitativo (regressão polinomial dentro da análise de variância) e quantitativo (técnicas de superfície de resposta), análise de covariância, contrastes com as médias ajustadas, análise de experimento em parcelas subdivididas e subsubdivididas. Visto do chunk number 50 à 68. \|
	\| SEX 29 \| Aspectos introdutórios da análise de regressão linear, estimação, testes de hipótese, qualidade de ajuste, gráfico de diagnóstico de resíduos, procedimentos para seleção de modelos, medidas de influência, predição de valores. Aspectos introdutórios de modelos de regressão não linear, obtenção de chutes iniciais ótimos, estimação, testes de hipótese, comparação de modelos aninhados, predição de valores. Aspectos introdutórios de modelos lineares generalizados, conceito, aplicações com respostas do tipo contagem e do tipo proporção. Visto do chunk number 15 à 33, 69 à 73. \|

	----

	==== Referências bibliográficas ====
	<bibtex>

	@TechReport{ribeiro_jr-leg,
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.pdf},
	year = {2009},
	author = {Paulo Justiniano {Ribeiro Júnior}},
	title = {Introdução ao Ambiente Estatístico R}
	}

	@TechReport{faraway-cran,
	url = {http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf},
	year = {2002},
	author = {Julian J. Faraway},
	title = {Practical Regression and Anova using {R}}
	}

	@book{faraway_linear_2005,
	title = {Linear models with R},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Linear%20Models%20with%20R.pdf},
	isbn = {9781584884255},
	publisher = {Chapman \& Hall/{CRC}},
	author = {Julian James Faraway},
	year = {2005},
	pages = {244}
	}

	@book{venables_modern_2002,
	title = {Modern applied statistics with S},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Modern%20Applied%20Statistical%20Methods%20with%20S%20plus.pdf},
	isbn = {9780387954578},
	publisher = {Birkhäuser},
	author = {William N. Venables and Brian D. Ripley},
	year = {2002},
	pages = {518}
	}


	@book{everitt_handbook_2009,
	edition = {2},
	title = {A Handbook of Statistical Analyses Using R, Second Edition},
	%url = {http://www.maths.bath.ac.uk/~jjf23/ELM/},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/A%20handbook%20of%20statistical%20analyses%20using%20R.pdf},
	isbn = {1420079336},
	publisher = {Chapman \& Hall},
	author = {Brian S. Everitt and Torsten Hothorn},
	month = jul,
	year = {2009}
	}

	@book{dalgaard_introductory_2008,
	edition = {2nd},
	title = {Introductory Statistics with R},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Introductory%20Statistics%20with%20R.pdf},
	isbn = {0387790535},
	publisher = {Springer},
	author = {Peter Dalgaard},
	month = aug,
	year = {2008}
	}

	@book{dobson_introduction_2008,
	edition = {3},
	title = {An Introduction to Generalized Linear Models, Third Edition},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/An%20introduction%20to%20generalized%20linear%20models.pdf},
	isbn = {1584889500},
	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
	author = {Annette J. Dobson and Adrian Barnett},
	month = may,
	year = {2008}
	}

	@book{ritz_nonlinear_2008,
	edition = {1},
	title = {Nonlinear Regression with R},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Nonlinear%20Regression%20with%20R.pdf},
	isbn = {0387096159},
	publisher = {Springer},
	author = {Christian Ritz and Jens Carl Streibig},
	month = nov,
	year = {2008}
	}

	@book{sarkar_lattice:_2008,
	edition = {1},
	title = {Lattice: Multivariate Data Visualization with R},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Lattice%20Multivariate%20Data%20Visualization%20with%20R.pdf},
	isbn = {0387759689},
	shorttitle = {Lattice},
	publisher = {Springer},
	author = {Deepayan Sarkar},
	month = mar,
	year = {2008}
	}

	@book{murrell_r_2005,
	edition = {1},
	title = {R Graphics},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/R%20Graphics.pdf},
	isbn = {{158488486X}},
	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
	author = {Paul Murrell},
	month = jul,
	year = {2005}
	}

	@book{maindonald_data_2010,
	edition = {3},
	title = {Data Analysis and Graphics Using R: An Example-Based Approach},
	isbn = {0521762936},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Data%20Analysis%20and%20Graphics%20Using%20R%203rd.pdf},
	shorttitle = {Data Analysis and Graphics Using R},
	publisher = {Cambridge University Press},
	author = {John Maindonald and W. John Braun},
	month = jun,
	year = {2010}
	}

	@book{pinheiro_mixed-effects_2009,
	edition = {1st ed. 2000. 2nd printing},
	title = {Mixed-Effects Models in S and {S-PLUS}},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Mixed%20Effects%20Models%20in%20S%20and%20S-Plus.pdf},
	isbn = {1441903178},
	publisher = {Springer},
	author = {Jos\'{e} Pinheiro and Douglas Bates},
	month = apr,
	year = {2009}
	}

	@book{cox_theory_2000,
	edition = {1},
	title = {The Theory of the Design of Experiments},
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/The%20theory%20of%20the%20design%20of%20experiments.pdf},
	isbn = {{158488195X}},
	publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
	author = {{D.R.} Cox and Nancy Reid},
	month = jun,
	year = {2000}
	}

	@TechReport{beasley:04,
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Beasley-BioestatisticaUsandoR.pdf},
	year = {2004},
	author = {Colin Robert Beasley},
	title = {Bioestatística usando o R - apostila de exemplos para o biólogo}
	}

	@TechReport{correa-gonzales:2002,
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Gr%c3%a1ficos%20Estat%c3%adsticos%20no%20R.pdf},
	year = {2002},
	author = {Juan Carlos Correa and Nelfi González},
	title = {Gráficos Estadísticos con R}
	}

	@TechReport{maia-etal:05,
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/Software%20Livre%20R%20-%20aplica%c3%a7%c3%a3o%20estat%c3%adstica%20(vi%c3%a7osa).pdf},
	year = {2005},
	author = {Emanuel Fernando Maia de Souza and Luiz Alexandre Peternelli and Márcio Pupin de Mello},
	title = {Software Livre R: aplicação estatística}
	}

	@TechReport{monteiro:06,
	url = {http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/biometria.pdf},
	year = {2006},
	author = {Leandro R Monteiro},
	title = {Introdução à biometria usando o R}
	}


	</bibtex>

	----

	==== Questionário de avaliação do Curso ====

	Clique para responder o [[https://spreadsheets.google.com/embeddedform?formkey=dFFPajZIODFFMkE1b0lRNmFvS05iTUE6MA\|questionário sobre avaliação do Curso]]. Não é necessário identificação. O questionário serve para aperfeiçoamento do Curso, portanto, resposta às questões com total sinceridade. Certo de sua colaboração, agradeço.

	----

	==== Seminário sobre planejamento de experimentos ====

	[[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/planejamento-experimento-walmes.pdf\|{{ :pessoais:walmes:plan-exp.png?200\|}}]] Slides do seminário {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/planejamento-experimento-walmes.pdf\|Planejamento de Experimentos}} oferecido aos acadêmicos do Curso de Pós Graduação em Produção Vegetal, Pós Graduação em Zootecnia e acadêmicos do 4ª ano do Curso de Agronomia (13:45-15:15h, 26/04/09, FCA/UFGD). O seminário abordou etapas do planejamento de um experimento, escolha das unidades experimentais, dos fatores, dos níveis dos fatores, da distribuição de probabilidade para a resposta, os pressupostos da análise de variância, aleatorização dos níveis às parcelas, o controle local, o planejamento de experimento para ajuste de modelos de regressão. Ao final foi dada um introdução ao aplicativo estatístico R e uma breve sessão de R com gráficos e análise de dados.

	----

	==== Seminário sobre modelos de regressão ====

	[[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/modelos-regressao-walmes.pdf\|{{ :pessoais:walmes:mod-reg.png?200\|}}]] Slides do seminário {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/docs/modelos-regressao-walmes.pdf\|Modelos de regressão: teoria e aplicação nas ciências agrárias}} oferecido aos acadêmicos do grupo PET-Agronomia e PET-Zootecnia (12:00-13:00h, 29/04/2011, FCA/UFGD). O seminário abordou aspectos históricos, cotidianos, apresentou as classes de modelos, técnicas de estimação, interpretação dos modelos, escolha do modelo, e apresentou 4 aplicações de modelos de regressão em ciências agrárias.

	----
	==== Pacotes necessários a serem instalados ====

	<code R>
	# instala os pacotes oficiais usados durante curso via web
	install.packages(c("fBasics","agricolae","ScottKnott","contrast","multcomp","gplots"),
	dep=TRUE, repos="http://cran-r.c3sl.ufpr.br/")

	# link para a página de download do pacote ExpDes
	browseURL(URLencode("https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1"))
	</code>

	----

	==== Procedimento para o ajuste de diversos modelos lineares ====

	<code R>
	# gera dados
	da <- data.frame(x=runif(100), z=5*rpois(100, lambda=7), w=runif(100, 50, 100))
	da$y <- with(da, 12+0.1x+0.05z+0.34w+0.2sqrt(z)+0.1xw)+rnorm(100,0,0.1)

	# vetor com as fórmulas específicando diferentes modelos lineares
	form <- c(mod1=y~x, mod2=y~x+z, mod3=y~x+I(x^2), mod4=y~x+z+w)

	# ajuste dos modelos
	ajustes <- lapply(form, function(f){ m0 <- lm(f, data=da); m0 })

	lapply(ajustes, summary) # quadro geral de estimativas e qualidade
	lapply(ajustes, anova) # quadro de anova sequencial
	lapply(ajustes, coef) # vetor de estimativas
	sapply(ajustes, function(a){ summary(a)$r.squared}) # R²
	sapply(ajustes, function(a){ summary(a)$adj.r.squared}) # R² ajustado
	sapply(ajustes, function(a){ summary(a)$sigma}) # QMR
	sapply(ajustes, deviance) # SQR
	sapply(ajustes, df.residual) # GLR
	lapply(ajustes, function(a){ summary(a)$coeff}) # tabela de estimativas
	do.call(rbind, lapply(ajustes, function(a){ summary(a)$coeff})) # junta das tabelas
	sapply(ajustes, fitted) # valores ajustados
	sapply(ajustes, residuals) # resíduos da análise
	sapply(ajustes, vcov) # matriz de covariância das estimativas
	apply(sapply(ajustes, residuals), 2, shapiro.test) # normalidade dos resíduos
	</code>

	----

	==== Procedimento para obter a análise de variância de diversas respostas ====

	<code R>
	# importa dados
	soja <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/soja.txt",
	header=TRUE, sep="\t", dec=",")
	str(soja)

	# ajusta um modelo e pede anova
	m1 <- aov(rengrao~bloco+agua*potassio, soja)
	anova(m1)

	# cria uma lista com as variáveis resposta
	respostas <- do.call(c, apply(soja[,4:7], 2, list))
	do.call(c, respostas)

	# faz o ajuste para todas as respostas
	ajustes <- lapply(respostas,
	function(r){
	m0 <- aov(r~bloco+agua*potassio, data=soja)
	m0
	})

	# pede todas as anovas
	lapply(ajustes, anova)

	# extrai o QMR com o sinal da significância e salva numa planilha xls
	QMR <- do.call(cbind,
	lapply(ajustes,
	function(a){
	qmr <- anova(a)[,"Mean Sq"]
	sig <- anova(a)[,"Pr(>F)"]
	sig <- ifelse(sig<=0.01,"*", ifelse(sig<=0.05,"","ns"))
	sig[is.na(sig)] <- ""
	qmr <- formatC(qmr, digits=4, format="f")
	paste(qmr, sig, sep="")
	}))
	quadro <- cbind(FV=rownames(anova(m1)), GL=anova(m1)[,"Df"], QMR)
	write.table(quadro, file="resumoanova.xls", quote=FALSE, row.names=FALSE, sep="\t")

	require(agricolae)

	# aplica o teste de Tukey (aqui só para efeito principal de potássio)
	# em caso de interação o procedimento é outro
	tukey <- lapply(ajustes,
	function(a){
	qmr <- anova(a)[,"Mean Sq"]
	dfr <- anova(a)[,"Df"]
	da <- a$model
	t0 <- with(da, HSD.test(r, potassio, dfr, qmr))
	return(t0)
	})
	</code>
	==== Lista de afazeres ====

@@ Linha -99,3 +411,20 @@ ~~removida~~ criada
	* nos dados de DAP discutir a coisa de usar os valores preditos como dependentes de uma análise subsequente, a coisa do viés.
	* procurar o livro {{http://www.routledge.com/books/details/9781439816974/\|Optimal Experimental Design with R}}.
	* revisar a análise dos dados ''volume.txt'', aplicar uma transformação para corrigir a heterogeneidade de variâncias.
	* fazer uma enquete para avaliar a qualidade do curso.
	</note>

	* {{http://designcomputing.net/gendex/alpha/\|ALPHA: Program for Constructing α-designs}};
	* {{http://cropscience.ch/?p=368\|Field designs for replicated trials}};
	* {{http://www.stat.ncsu.edu/people/dickey/courses/st711/notes/Notes_pdf/Alpha%20Lattice%20designs.pdf\|Alpha Lattice Designs}};

	----

	==== Espaço do participante (feedback) ====

	Dê sua opinião e me ajude a melhorar o curso. Critique, comente, sugira, tire dúvidas, peça a inclusão de novos procedimentos, discuta, expresse-se. Sua opinião é muito importante.

	{{threads>pessoais:walmes:cursorufgd:discussion}}

	~~DISCUSSION~
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